然而，北京政变的局势很快就恶化了。奉军张作霖不守诺言，抛开政变前与冯玉祥“保证奉军不入关”的君子协定，待曹锟、吴佩孚一倒台，就挥兵入关。冯玉祥考虑到孙中山先生来京还需要一段时间，又错误地先请段祺瑞出面维持，段祺瑞轻而易举地夺取了“中华民国”临时执政的宝座，形成了一个以段祺瑞为首，段、张、冯联合政府。

上台后，段祺瑞野心不改，不顾全国人民的反对，宣布维持帝国主义在中国的特权，并与驻京的各国公使勾结起来，反对孙中山北上。段祺瑞、张作霖还联合排斥冯玉祥，迫于无奈，11月24日，冯玉祥通电下野。1925年1月13日，被逼无奈的冯玉祥就任西北边防督办一职。为再助冯玉祥一臂之力，2月15日，《京报》增发附刊《西北周刊》，创刊号上刊登冯玉祥赠送邵飘萍的照片，刊名下署“西北边防督办”。周刊头版刊登邵飘萍的文章《开发西北之重要关系》，文章开门见山地称，本刊发行之目的，在于开发西北，欲图西北之开发，不可不先引起国内注意西北问题，共同讨论，以供边防当局之参考。文章还论述了开发西北的重要意义，指出可以巩固国防、减除兵患。

邵飘萍对土匪出身的张作霖历来没有好感。1918年张作霖在秦皇岛抢劫了北洋政府向日本订购的一万七千支步枪，时为《申报》记者的邵飘萍迅速发表文章揭露张作霖，将张抢劫枪支的行为与其土匪出身联系起来，陈词尖锐，全国哗然，张作霖十分难堪，耿耿于怀，一直在寻找机会报复。对于军阀的祸国殃民，邵飘萍深恶痛绝，经常在《京报》上公开指责奉系军阀张作霖。

政府的腐败无能和革命形势的向好发展，使得政府军中的一些高级将领不断反戈政府，投身革命。奉系军阀中郭松龄效仿冯玉祥将军，宣布与国民军结合，改称所属为东北国民军，讨伐张作霖。1925年10月，郭松龄获悉张作霖打算承认卖国贼袁世凯都不敢完全兑现的“二十一条”为条件，来换取日本大量军火进攻冯玉祥的国民军。郭松龄大为震惊，正好当时张作霖委托他去天津成立第三方面军司令部，统辖三个军，郭松龄充分利用这次组建司令部的机会，调配人员，安插心腹，为将来的倒戈张作霖作了相应的准备。当邵飘萍从秘密渠道获悉郭松龄有倒戈张作霖之意，特意发表很多赞扬郭将军的文章，甚至不断做工作。

在与郭松龄的交往中，邵飘萍主动宣传国民革命的形势，晓之以理，动之以情，促使郭早日与张作霖决裂。邵飘萍还在冯玉祥和郭松龄两位将军中穿针引线，密传情报。邵飘萍经常派其助手祝文秀秘密送递文件，往返于京津、东北等地。有次祝文秀往东北奉天送信，刚下车就发现有人在把关搜查，祝文秀那天穿得很漂亮。出站时，装出一副贵妇人的派头，一边等候搜查，一边拿出小粉盒子，对着里面的小镜子给自己涂脂抹粉，其实那封秘密信件就放在粉盒的夹层里，几个搜查的人朝她看了几下，不知道她的来头，问也不敢问就放她过去了。祝文秀就是通过这样与北洋军阀斗智斗勇，往返于京津之间，为冯玉祥和郭松龄传送密件。