清水同情弱者和弱小民族，即使在战时，对那些丧失祖国、不得不以日本“属国”民的身份侨居中国的朝鲜人子女，他也谆谆教诲她们要积极学习祖国的母语、敢于穿朝鲜的民族服饰，为民族的复兴和自立做好准备，并以身作则，凡重要仪式，每每以中、日、朝三种语言互译，特意与夫人穿朝鲜的长袍合影留念。

1945年8月15日（日本战败日），上午11时，校长清水召集学园全部日本学生聆听天皇的“玉音放送”。彼时，全校共有500名中国学生和近200名日本学生。而这200名日本女生，其实三分之二都是朝鲜人。听完“玉音放送”，清水把日本接受《波茨坦公告》的事情跟学生们做一说明，接着发表了一段即席演讲：

朝鲜成为一个独立的国家了。很长一段，我们和你们在一起，以同一国民相待。但是，从今天开始你们是朝鲜国民。今后也希望我们能互相爱护，互相帮助。为了朝鲜成为一个伟大的国家，希望大家好好干。祈愿上帝保佑你们。

演讲结束时，清水高呼“朝鲜国万岁，万岁，万万岁”的口号，大家也跟着喊起来。这成了清水在崇贞学园所做的“最后的演说”。

1945年11月8日，崇贞学园作为敌产，被北京市教育局接管。清水夫妇及所有的日本教师和女生，被要求限期离境。“每个人都是两只手把能拿的东西都拿上，能背的东西都背上了。就这样，我们所有的一切都在瞬间化为乌有，我们真的几乎什么也没有带，就被勒令离开了居住了30年的熟悉的朝阳门外。”

在离校前，清水安三与妻子清水郁子曾于1946年2月联名致信蒋介石和宋美龄这对基督徒夫妇，信中说：“愚夫妇之来中国为邻邦服务乃上帝所指示，因而从未希望得到任何报酬，背负十字架亦为吾人乐于担任之义务也……愚夫妇向秉上帝意旨，为贵国人民服务，此后盼能永久居留中国，为中国之友。”但他们居留中国的愿望终未实现。清水一生为自己在朝阳门外所从事的教育事业而自豪，平素为人挥毫题字，无不以“北京朝阳门外 清水安三”的字样落款，对自己的藏书也钤同样的印章。

回国后，清水夫妇于1946年5月在东京创业了著名的“樱美林学园”，清水自任园长。至1966年，樱美林学园已发展成从幼稚园、小学、初高中，到短期大学、普通四年制大学的著名基督教综合教育机构。而其在中国创办的崇贞学园，则在抗战结束后更名为北平女子第四中学；新中国成立后，为北京市第四女子中学、朝阳中学；1991年，再度更名为北京市陈经纶中学。当年崇贞学园的校舍直至1985年还在使用。

1988年1月17日，清水安三病逝，享年96岁。他的半身塑像，至今仍立在陈经纶中学的校园里。