在戈尔巴乔夫收到一份批评斯维尔德洛夫斯克畜牧业的报告之后，他们的关系就变淡了。叶利钦申辩这个报告歪曲了事实，但戈尔巴乔夫不分青红皂白对他一顿痛斥。不过，在利加乔夫的建议下，戈尔巴乔夫还是邀请叶利钦来莫斯科领导中央委员会下属的建筑部。这个职位意味着管理全国的建筑项目，但叶利钦觉得受到了侮辱，并以这个职位不够高为由拒绝了邀请。他之前的斯维尔德洛夫斯克第一书记们在被召到莫斯科时得到的职位更高。1985年4月4日，利加乔夫给叶利钦打电话告诉他这件事关乎党的纪律之后，他才答应接受。叶利钦同家人一起搬到了莫斯科。他是带着满腹的不满和过高的期望来到莫斯科的。他有点嫉妒戈尔巴乔夫，同样的年龄，戈尔巴乔夫没有管理过像斯维尔德洛夫斯克一样大或一样重要的区域，却提升得更快。

叶利钦去往戈尔巴乔夫在莫斯科老广场中央委员会大楼五层的会议室，向戈尔巴乔夫表示问候。当时的惯例是苏联领导人的行政办公室要放在这栋靠近红场的格局凌乱的大楼里，而克里姆林宫只用来进行党员聚会或接待重要客人。总书记坐在一张宽大的写字桌后面跟叶利钦说话，他后面正上方墙上是一幅大型的列宁肖像，画中列宁警觉的目光时刻落在总书记的身上。只有高级别的官员才能坐在列宁肖像的正下方。对于低级别的官员，列宁的画像必须放到一侧。[4]

叶利钦省去礼仪性的东西，直接进入他作为党的建设部部长的工作状态。他到苏联各处视察重大的建筑项目。在乌兹别克斯坦，一个克勃格官员悄悄递给他几份文件，上面显示，当地的共产党领袖奥斯曼·霍加耶夫收受贿赂。他将这些文件带给戈尔巴乔夫，结果戈尔巴乔夫—用叶利钦的话说—暴怒，还指责他居然会被愚弄。戈尔巴乔夫说，利加乔夫亲自为霍加耶夫的诚信担保。然而，最终证明叶利钦的消息来源是正确的。两年后，乌兹别克斯坦的领袖被解雇，经过审判后被宣判有罪。

1985年12月，戈尔巴乔夫觉得叶利钦的顽固和具有侵略性的方法可以发挥更大的作用。莫斯科需要一场彻底的清洗。这座由自视甚高却非常无能的第一书记维克多·格里申治理的首都城市因玩忽职守和深陷腐败而日益衰败。食物供给在污秽的仓库腐烂。贪污和欺诈无处不在，黑市上什么都买得到，不管是洋白菜还是鱼子酱。问题不断地堆积，戈尔巴乔夫认为需要一辆大推土机才能将这些问题清除。叶利钦符合所有的要求。尽管有些迟钝和好斗，他显然是一名真诚的共产党员，与腐败的莫斯科官员没有任何关联。这个新职位意味着叶利钦将被提升为政治局的候补成员，因此也满足了他快速晋升的野心。

如果戈尔巴乔夫知道叶利钦私下里对一些共产党官员的看法，他也许会犹豫给不给他这个职位。在一次回斯维尔德洛夫斯克的途中，叶利钦表达了对操纵一切的“老蠢货们”的不屑，被吓坏了的同伴们认为这个词指的是政治局里最重要的人物，包括利加乔夫。但是，也正是利加乔夫对提升叶利钦保有极高的热情。他认为，这个西伯利亚同伴优秀而诚实，是党的支持者，拥有解决问题的人格力量，不管方式是威吓还是猛攻。作为一个社会主义纯粹主义者，利加乔夫将干部们的辛勤工作看做完善这个工农国家的理想途径。

但是，苏联总理尼古拉·雷日科夫，一个来自斯维尔德洛夫斯克的无趣的注重实际的管理者，警告戈尔巴乔夫说，尽管叶利钦在职业上是一个建造者，他在本质上却是一个毁灭者。他说：“你跟他会有麻烦的，我了解他，我不推荐他。”[5]

戈尔巴乔夫压住了他的疑虑。1985年12月23日，政治局任命叶利钦为这个国家的腐败首都的第一书记，授权他整肃风气，推动局势发展。