国民党和共产党之间公开的团结维持到1941年1月，尽管其间有一系列的小事导致了两党统一战线的紧张。全国范围内，蒋介石的一位同僚（虽然也是与他争夺权力的对手）汪精卫在南京建立了傀儡政府，更增加了共产党对国民党的怀疑，他们怀疑国民党已经打算屈服于日本的压力，加入反共战线。离家乡越来越远，西北地区领土争端不断，表面上团结的军队内部也发生过好几次流血冲突事件。更异乎寻常的是，1939年末，国民党又开始了对共产党延安根据地的封锁。无论如何，单单只是1941年1月的“新四军事件”[ 即“皖南事变”。]就更让这名存实亡的统一战线不复存在了。

新四军与八路军都是共产党最富战斗力的军队。此前共产党的军队主要集中在北方作战，1939年他们开始向南方的长江地区进军，那里正是日军占领和国民党统治腹地。在那里，整编不久的新四军沿用了游击战术，他们同时组织广大农民加入革命抗战的行列，他们还从国民党试图招兵买马的农村地区招募士兵。因此国民党更加怀疑共产党军队的意图，他们勒令共产党的部队从南部地区往北撤退。与此同时，八路军也成功潜入日军防线后的华北地区。

1940年，在国民党战时首府重庆，共产党与国民党协商共产党的军队的作战边界线。按照协议，新四军撤回长江以北、八路军撤回黄河以北的最后期限被定在1940年末。至于谁对谁做了些什么，一直没有定论，国共两党彼此各执一词。唯一清楚的是，直至1941年1月，新四军的军部依然在长江以南。这支大约九千人的军队在1月4日被国民党部队重重包围。这场惨烈的战役持续了十天。新四军不少将领在这次战斗中牺牲，另外还有七千多名士兵丧命。

这次事件显然是共产党的一次军事灾难，共产党即刻谴责国民党的背叛行为。国民党军队加紧了对共产党根据地的封锁。毛泽东在给战友的电报中写道：“蒋介石所谈论的道德都是谎言，无论什么时候都不值得相信。”1月17日，蒋介石发表宣言，声称新四军是叛军，这激起毛泽东的愤怒，为此他写下“这是全国范围内的一次突发事件，整个国家都分裂了”这样的话。然而，毛泽东还是希望维持这样一个表面上的合作关系，并提醒他的部队将领，“除非蒋介石宣布彻底决裂……我们不能首先树起反蒋旗帜”。

“新四军事件”引发了共产党内部的军力重组。刘少奇得到了提拔，建国后他最后成为毛泽东的亲密同事。这一事件也标志着共产党组织与游击队伍从统一战线的重负中解脱了出来。这成为共产党在公共关系方面一次意外的成功，它提醒所有爱国人士，无论从属于什么政治组织，现在他们都相信共产党是唯一能够帮他们抵御日本侵略的政党。日本人注意到中国国内势力的分裂，对共产党的军队开始了凶残的镇压，这些活动一直持续到战争结束。

为理顺此次事件，毛泽东花费大量时间投身于电报往来中。这之后的1月31日，毛泽东才抽出时间给他在莫斯科的儿子们写信。他们一直保持通信。他在信中表扬了岸英和岸青的勤奋，同时也提醒他们少谈政治，多学习自然科学。毛泽东提醒他们不要听太多的表扬和赞美，因为听太多好话会让他们“易长自满之气，得意忘形”，还建议他们“脚踏实地，实事求是”。