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1940年3月5日，抗战岁月，蔡元培病逝于香港，享年73岁。他断断续续的遗言仅为两句：“科学救国，美育救国。”蔡元培生前自述：律己不苟，责人以宽；无所不容，有所不为；以美育代宗教，倡科学以救国；志在民族革命，行在民主自由。学人亦兼通人……傅斯年在《我所景仰的蔡先生之风格》一文中说：“蔡先生实在代表两种伟大文化，一是中国传统圣贤之修养，一是法兰西革命中标揭自由、平等、博爱之理想。此两种伟大文化，具其一已难，兼备尤不可觏。先生殁后，此两种伟大文化在中国之寄象已亡矣。”蒋梦麟《试为蔡先生写一笔简照》则云：“先生做人之道，出于孔孟之教，一本于忠恕两字。知忠，不与世苟同；知恕，能容人而养成宽宏大度。”

在我看来，蔡元培先生首先是个思想家，这是总括性的；然后他才是革命家、教育家，同时也是社会活动家、学者、公共知识分子。他从旧时代过来，但很快把旧时代抛在身后，走在了新时代的最前列；而且百年过去，他依然是新的。因为他是真正的进步思想家，是当今公共知识分子的楷模。

蔡先生逝世后，全中国不分政治派别，都深切哀悼。国民政府发布褒扬令说：蔡元培“道德文章，夙负时望”，“推行主义，启导新规，士气昌明，万流景仰”。毛泽东从延安发去唁电，称孑民先生为“学界泰斗，人世楷模”（见《蔡元培纪念集》第2页）；周恩来的挽联高度概括了蔡元培一生中伟大的功绩：

从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；

从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。

（原载《东南十杰》电子书）