1954年11月17日马寅初突然收到一封匿名信，信中只装有一颗氢气弹，他马上交给党委。校党委分析说，可能系以此恐吓马寅初，令其辞去北大校长职务，或在北大进行破坏。

1956年11月21日，在国家专家局任负责职务之一的民主人士雷洁琼召集会议收集教授对高等教育的意见，事后她整理出一份座谈纪要上报。其中马寅初所提的意见最为显目，他感喟自己有职无权，只是一个“点头校长”，在事先不知情的情况下，上级突然委派新的经济系主任，这让自认与经济系有渊源的他心中大为不快。他个人借重总务长文重，靠他把握一些行政事务。但校党委借机把文重调任化学系副主任，让他有失去左臂右膀的感叹，对此举深为不满。他说：“因为党内事先都商量好了，再问我我也不得不同意。”

有意味的是，马寅初曾写过一篇名为《资本主义工商业改造》的文章，审稿人认为文章的观点有些问题，不合中央的一些条条框框，就没有同意发在北大学报创刊号上。他又接着写《洗冷水澡的经验》，结果照样也没有刊发在学报上。作为校长，马寅初内心多少有些丢颜面的失落、无奈之感。

在三四十年代，马寅初在经济学界的学术位置是显赫的，连蒋介石都因他的影响力而有所忌惮。1949年后马寅初纯粹的学术研究有所停滞，原本通过学识点评时政的做法也大大收敛，他的老一套经济学观点渐渐不被看重，学术威望不由地降到低点，人们只是习惯地看到他不停地在诸多政治问题上应景表态。难怪到了1954年3月，高教部、教育部到北大、清华、北师大三校检查非党行政人员的统战工作，对于马校长是否具备学问，北大党委有人竟然说了这样的话语来表达疑问：“马寅初过去是研究资产阶级经济学的，真才实学究竟如何，目前北大尚摸不清。”（见1954年3月24日《北大、清华、师大三校重点检查统战工作简报》）

到了1958年“双反”运动时，北大及经济系党组织挑中马寅初为经济界批判重点人物，学术思想批判小组里自称“青年战斗员”的年轻人依靠集体力量，分工阅读马寅初的著作与讲义，准备日后与马面对面进行讨论和批判。结果，青年人阅读之后大大地壮胆，发现原来被人们看作是“庞然大物”的马寅初不过是一个牢固地站在资产阶级立场、“知识少得可怜”的人，便觉得可以鼓起勇气向马及其别的权威教授开起火来。北大党委当年的批判报告中一涉及马寅初，就时常充斥着这种嘲讽、不屑的语气，对学术出身的本校校长的学识如此不敬在北大史上也属罕见。

后来连中共高层人士也在公开场合表达了对马寅初的轻视态度，康生1958年6月5日在政治理论教育工作会议上就轻易地说道：“马寅初的理论无非就是团团转，还把北大弄得团团转。”他以山东俗话“人手”来反驳马寅初的“人口论”，因为“牛马狗都有口，但没有手，只有人才有手”。他由此推论说：“马寅初只见口，不见手，这根本上就是错误的。”

二

1954年、1955年只要见到中央部门来人，马寅初都会说：“如果没有江隆基同志，我办不了北大，这是老老实实的话。”康生据此还表扬马寅初，认为马如此肯定江，就是第一个为党说好话的人。江隆基是20年代加入中共的老资格干部，曾在老解放区长期负责教育工作。1952年10月由中央调派到院系调整后的新北大，出任党委书记兼副校长，他的行政级别与市委一些领导相近。

江隆基一上任，就赶上北大从城内搬往城外燕京大学旧址，燕京原有家当不够用，新建筑又迟迟不能完工，上级又迫切希望在当年12月初开课。在这期间又频繁遇到一系列的突击任务，如俄文速成学习、全校的调查研究、中苏友好月、工资调整、大规模采用苏联教材等，把江隆基弄得疲惫不堪。他在1953年4月15日致市委的报告中写道：“由于北大在院系调整之后差不多等于一个新成立的学校，各方面的准备都很不充分，这就使我们的工作完全处于被动状态……来校之后又因学校行政机构不大健全，大小事情都逼在眼前不能不管，再加我的工作作风有官僚主义，联系群众与深入实际不够，因而形成上学期的忙乱现象。”

在这份工作汇报中，江隆基还表示，整个北大党的力量偏弱，校务方面的领导干部大都是民主教授和留有职员。他写道：“这些民主教授一般说来工作热情是有的，但政治性和思想性很差，领导方法和工作方法还是老一套，所以在工作上起的作用不大。”至于党员领导骨干的实际领导能力，江隆基也流露不得力的感喟：“除我一人是老干部外，其余全是解放战争中入党的新干部，他们的优点是积极热情、和群众有联系，缺点是缺乏工作经验、缺乏政治锻炼和政策思想，他们在过去搞学生运动时是有办法的，但在今天要领导教学和行政工作，就感到很生疏。正因为如此，所以全校不易形成一个坚强的党的领导核心，工作上顾此失彼，漏洞很多。”（见1953年4月15日江隆基致市高校党委并市委《关于北京大学现存问题的报告》）

1953年初在期末总结工作会上，不少人给江隆基提意见，主要认为江联系群众不够，群众不易接近。副校长汤用彤以较为客气的口吻说：“江副校长有知识分子味。”副教务长侯仁之说：“到校长办公室找汤老，不考虑就进去了，但要找江副校长就要想一想。”江在会上也作了检讨，但事后似乎收效不大。

江隆基手忙脚乱，马寅初却颇为悠闲。江隆基对行政机构不敢倚靠，主要是出于政治上的恐慌和不信任。他认定，新北大的行政机构是以原燕京大学的行政机构为基础建立起来的，而原燕大的行政机构在帝国主义分子的长期麻醉与奴役之下是十分腐朽的，在工作上起的作用不大。而行政领导岗位上多是民主教授和一些旧留用人员，政治上不太可靠。