1954年3月高教部下来调查，听取北大工作汇报。事后高教部形成一个检查报告，内中称：“北京大学在和马寅初、汤用彤等的合作上基本做到尊重其职权，校内一切公事都经过马寅初批阅，大事情都和他商量，做了的工作都向他汇报。在他出国的时候，江校长每月亲笔向他报告工作。”所述的多是某一小段时间的事实，但实际上数年内并不如此所为，这只能视之为官场惯常、应付的书面表达方式。

真正的内情通过一个细节可以窥探到：马寅初不大管（或不能管）教学上的大事，却对校内清洁卫生工的调动、职员的大小事都很关心，一有变化都要人向他报告。有一次北京政法学院工友因个人琐事打了北大一职员，北大写信给政法学院请求解决，马寅初竟花了很多时间亲自修改这封信件。

从目前保存下来的文件看，1953年、1954年江隆基写了好几件工作报告，都是直接以自己名义上报，一字不涉马校长，譬如1953年8月27日，他用毛笔写了万言报告致中宣部、高教部、市委，内容涉及学制延长一年、各系增设秘书一人并兼任支部书记、不适教员处理等重要行政事宜，全篇根本没有提及马寅初对这些事的表态如何。1953年10月4日晚，江隆基在临湖轩与各系主任座谈校内工作安排，人员齐整，唯独就缺马寅初一人。

在如何使用党外校长这一点上，清华大学党委书记蒋南翔就比江隆基灵活巧妙。蒋南翔经常会把对校内重大事件的看法事先通告副校长刘仙洲及教务长钱伟长，并尽量让他们出面主持，由他们给各系提出处理意见。这种沟通方式极为有效，刘仙洲的工作热情比冷落的马寅初要高涨许多。据高教部、教育部1954年3月24日《北大、清华、师大三校重点检查统战工作简报》介绍，蒋南翔与刘仙洲共同管理教学，蒋南翔主管政治及人事工作，刘仙洲则兼管总务、图书馆、校长办公室。刘对这样的分工是满意的，因而在工作中发挥了积极性，检查各系教学计划的会也主动由刘主持。简报中对蒋南翔的统战工作方法予以较高的认可：“南翔同志经常将自己对校内各种问题的看法，讲给刘仙洲听，以促进思想上的一致，便于他从思想上接受党的领导。”

那几年马寅初在北大的境遇可以用“孤寂”来形容。细翻北大50年代中期档案，可以发现上下重要沟通时往往都愿意绕过他这一关。偶有例外的是因高教部大学教育司一科长不通过北大校方，擅自决定聘请苏联专家与留助教的数目与专业，高教部副部长杨秀峰1953年5月24日为此向北京市高校党委会书记李乐光写信致歉，并许诺将以马叙伦部长名义正式函告马寅初校长。