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1949年后北京市高校党委对发展高级知识分子入党之事一直持谨慎的态度，基层党组织顾虑重重，认为高级知识分子思想复杂，很难改造。据市高校党委1955年11月21日《北大、清华、师大等五校教授入党情况和问题》中披露，解放六年来北京市这五所高校一共才发展16名教授入党，迟缓的主要原因在于党内还存在不少思想障碍，不肯积极进行培养工作。

1956年1月8日，北京市高校党委组织部召开建党问题座谈会，着重研究在高级知识分子中发展党的问题。与会者多半都在感叹多年来办事之难，举步维艰，最后形成的简报这样表述：“对高级知识分子的进步估计不足，认识不够，因而没有积极进行培养以外，还由于领导上对发展教授入党过分慎重，控制太严，使得大家对发展教授入党束手束脚，顾虑重重。”（见1956年1月20日市高校党委办公室编《高等学校动态简报》第117期）

50年代以来北京高校系统每年建党计划都没有完成，1954年成为全市完成建党计划最差的单位之一。市委组织部追查原因，高校基层党组织无非还是认为高级知识分子个人历史或家庭社会关系比较杂乱，只能采取简单放弃的消极态度。

1956年中央组织部明确提出两年内高校建党指标，即教授党员要占教授总数的20%。并要在今后7年内，使高级知识分子的党员数量，达到高级知识分子总数的三分之一左右。迫于高层压力，各高校加大了建党的速度和力度，有近百名教授被突击成为发展对象，其中有13名学部委员、十几位正副校长（或教务长、系主任）。在这广泛引起瞩目的大名单中并没有陈垣，北师大傅种荪、白寿彝、钟敬之、何兹全、陶大镛、马特等老教授在榜中列名，而且1956年10月市高校党委把陈垣列入“不够条件者，如何处理尚无更好办法”之列，与之同类的还有梁思成、汤用彤、孙晓邨、钱端升等人。过了一个月，市高校党委组织部再次在《教授中发展党的计划》中表示：“陈垣，觉悟不够，且年老卧病，已丧失工作能力，不具备入党条件。”市委一领导用钢笔在此标注：“高知中够条件是少数……无党派（陈垣）更复杂。分一下类，不够者算了。”

当时高校党委对此有个解释，就是要避免“对党的认识还不足、民主人士气味很重的人拖着小尾巴进来。”（见1956年10月10日高校党委《发展党发言提纲》）陈垣始终处于党组织“难权衡”之列，既够不上积极，又不处在“落后”之中，连他自己细想起来都觉得事情难办，也就是他常说的“太不自量”。

转机出在1958年大跃进之时，郭沫若等人入党的消息公布之后，对陈垣震动不小，他马上表示“不灰心”之意，并于12月正式提出申请入党。北师大党委转年1月9日向市委汇报，上交了一份四千余字的陈垣思想内部评价及小传材料，建议“可考虑发展其入党”。

想不到赶上1959年初春中共“开闸放水”的短暂时期，原本复杂万分的问题得以简单解决。1959年初市委很快批复同意北师大报告，并在两个月内连续批准梁思成、周培源、张子高、吴朝仁、黄昆等12位拖延多年的著名教授入党，在报刊上广泛宣传，引发了一股接收左派教授入党高潮。