“二次革命”的失败，标志着伟大的辛亥革命被基本断送。帝国主义和封建主义的统治重新巩固下来，半殖民地半封建社会秩序依然如故。黑暗再次笼罩了中国，人民处于水深火热之中。

孙中山面对着极其困难的局面。革命流亡者的物质生活固然十分窘迫，“同志中之衣食亦多不能顾者。前日大雪，在东之亡命客中，竟有不能向火而致疾者。”《孙中山先生廿年来手札》卷2。但更为严重的是他们中的大部分精神状态低抑，一些成员缺乏乃至丧失了斗争热情和革命信念。在极短的时间里，惊心动魄的事变纷至沓来，接踵而至的又是惨痛的失败，使许多国民党人感到困惑、犹疑和悲观。“谈及将来事业，意见分歧，或缄口不谈革命，或期革命以十年。种种灰心，互相诟谇。二十年之革命精神与革命团体，几于一蹶不振。”邹鲁：《中国国民党史稿》第1篇，第160页，广州述志公司1927年版。

孙中山却在逆境中表现出革命者难能可贵的品质，始终保持着百折不挠的战斗精神。他承认革命遭到严重挫折：“此次失败以后，自表面观之，己党力量全归乌有。”但是，革命力量没有也不会被消灭，“实则内地各处，其革命分子，较之湖北革命之前，不啻万倍。而袁氏之种种政策，尚能力为国民革命制造革命党。”《孙中山先生廿年来手札》卷2。他确信袁世凯的倒行逆施只能猖獗一时，终难逃脱覆亡的命运。革命党人应当总结教训，振奋精神，再接再厉，战斗到底——“惟我辈既以担当中国改革发展为己任，虽石烂海枯，而此身尚存，此心不死。既不可以失败而灰心，亦不能以困难而缩步。精神贯注，猛力向前，应乎世界进步之潮流，合乎善长恶消之天理，则终有最后成功之一日。”孙中山要求革命党人高瞻远瞩，对将来抱有信心：“不特应聚精会神，以去乱根之袁氏，更应计及袁氏倒后，如何对内、如何对外之方策。”《孙中山先生廿年来手札》卷2。

孙中山抵日后立即展开革命活动，准备新的斗争。他设立通信机构以联络流亡的革命党人，给予他们以精神鼓励和物质帮助。一切均需重新开始，当务之急则是重组革命党。长期的斗争实践——特别是辛亥革命的经验表明：有革命党为中坚领导斗争，胜利可期；革命党蜕化瓦解，败亡在即。孙中山对于这桩首要任务是充分理解的，因为“真中华民国由何发生，就是要以革命党为根本。根本永远存在，才能希望无穷的发展”《孙中山选集》上卷，第483页。。事实上，孙中山几乎是在到达东京后马上开始建党活动。《日本外务省档案》记载了日本密探于1913年9月初所获致的有关孙中山的情报：“他们已决定一项大计划，一二周内便可以进行具体活动。”这年秋天，已经开始吸收新党员。年底，入党者当已有200余人。在积极筹备建党的同时，孙中山着手策划反袁武装斗争。缔造民国需要“强迫”手段。捍卫共和依然不能离开“武装革命”。陈其美等被派回国内进行活动，起义的火焰开始燃起。