与国民党的迟疑不决态度形成鲜明对照，袁世凯却紧锣密鼓地进行反革命军事部署。5月上旬，袁世凯下令“除暴安良”，公开向国民党挑战，准备拉开战幕。旋又“传语国民党人”，辱骂孙中山、黄兴等“除捣乱外无本领”，宣称：不能“听人捣乱”——“彼等若敢另行组织政府，我即举兵讨伐之。”白蕉：《袁世凯与中华民国》，第49~50页，上海人文月刊社1936年版。6月，袁世凯以国民党人李烈钧、胡汉民和柏文蔚反对借款、违抗中央为借口，先后免除了三人分别担任的赣、粤、皖都督的职务，公然向国民党发动进攻。然而，甚至在袁世凯举起屠刀的紧要关头，国民党仍然没有作出及时的、必要的反应，依旧意见纷纭。黄兴、胡汉民等继续期待“法律解决”。汪精卫则希冀同亲袁的进步党联合实行“法律倒袁”。不少国民党籍的议员热衷议会斗争。正如孙中山所痛心指出：“静山观望于八闽，组安反复于三湘，介人复盘踞两浙。”等而下之，阎锡山、陆荣廷更与袁世凯相勾结。孙中山处于相当孤立和十分困难的境地，虽然他从未松懈片刻。为了促使广东这个革命党人经营多年的基地投入反袁斗争，孙中山不得不亲赴港澳，在军舰上与陈炯明会谈，促使他同意“四省独立，广东同时宣布”张醁村：《辛亥革命前后同盟会领导人物的政治分歧及其分裂》，见《广东辛亥革命史料》，第365页；《民生日报》1913年6月26日。。直到7月12日，李烈钧才在袁军两路进逼下于湖口独立，组织讨袁军攻击李纯部，“二次革命”由此爆发。孙中山在上海发布通电，谴责袁世凯的“违法”行径，表示“东南人民迫不得已，以武力济法律之穷”《总理全集》下册，《文电》，第63~64页。。至此，有关省市陆续响应。黄兴亲自在南京发难，自任江苏讨袁军总司令。上海宣布独立，陈其美指挥的讨袁军围攻制造局。柏文蔚在安徽宣布独立，组织起讨袁的武装力量。广东、福建、湖南三省，也相继宣布独立。8月上旬，重庆宣布独立。继之而起的则是何海鸣两次在南京宣布独立。反袁武装起义的发难过程比较仓促，自始至终不过一个月。但是，独立的地区偏于东南一隅，加以各省内部情况复杂，普遍缺乏战斗力和坚持性。斗争未能形成巨大声势，当然难以取得重大战果。在袁世凯军事、政治的压力下，只有熊克武领导的重庆独立持续到9月12日。这个日期，也就成为“二次革命”的终点。

在此之前，孙中山有鉴于形势的恶化，加以朱执信、胡汉民多次促请返粤，乃于8月上旬离开上海。船过福州马尾时，得悉“广东事已不可为”，于是经台湾赴日，中旬抵达东京。民国的缔造者竟为窃国大盗所通缉，再度流亡异域。

“二次革命”具有不容忽视的政治意义，它显然是辛亥革命的继续。希冀“以和平收革命之功”，毕竟只能是无法实现的良好愿望。南京临时政府预拟的北伐计划和方案，实际上由“二次革命”来承担。这场针锋相对的“武装革命”，彻底暴露了袁世凯的两面派嘴脸——“服膺共和”是假，称帝窃国是真。促使革命党人与广大群众清醒和觉悟起来，并以鲜血和生命换得的深刻教训昭示孙中山和他的战友，迫使他们思索和奋进，激励他们展开新的斗争。当然，短促的“二次革命”没有完成反袁的任务，也未能捍卫诞生不足两周年的共和制度，而以悲剧告终。但这种结局是可以理解的。“二次革命”力图实行南京临时政府的北伐决策，却已错过时机。斗争高潮业已消退，辛亥革命趋于尾声。强弩之末，事难可为。正如孙中山后来所总结的：“所以失败者，非袁氏兵力之强，实同党人心之涣散。”邹鲁：《中国国民党史稿》第3篇，第1048~1049页。