1918年1月，《新青年》杂志改为同人期刊，由陈独秀、钱玄同、高一涵、胡适、李大钊、沈尹默以及鲁迅、刘半农轮流编辑，这种编辑办法，令一大批拥有先进思想的人物围绕在《新青年》四周，使《新青年》成为新文化运动的宣传阵地。

这段时间，陈独秀和鲁迅、李大钊也过往甚密，其中鲁迅的第一篇白话小说《狂人日记》，便是在陈独秀催促下完成的，发表于《新青年》第4卷第5号。陈独秀和李大钊，则在1918年12月，携手创办《每周评论》杂志，这本杂志比《新青年》更直接参与政治。

然而，随着《每周评论》的创刊，1919年初，守旧派向新思潮发起猛烈进攻，同时使出卑鄙手段，造谣称陈独秀等人因思想激进受到政府干涉，陈独秀已辞职、被驱逐出北大等。陈独秀据理反驳谣言，一边发动社会各界对守旧派进行反击，一边利用《新青年》、《每周评论》发动对旧思潮的讨伐，“宁肯牺牲权利，不肯牺牲主义”，坚决不让北大这块新文化运动的中心阵地受到破坏。

蔡元培不愿北大民主自由的局面被旧势力扼杀，更不愿新文化运动的代表人物陈独秀被撵出北大，于3月19日致函《神州日报》，为陈独秀辞职一事辟谣。

但由于旧势力与军阀政府相勾结，教育总长傅坛湘受大总统徐世昌指令致函蔡元培，干预北大新文化运动；此时北大又传出陈独秀嫖娼一事，蔡元培的挚友北京医专校长汤尔和猛烈攻击陈独秀“私德太坏”，曾将陈独秀介绍给蔡元培的沈尹默也认为陈独秀不检点，被人抓住把柄，不宜再任文科学长，在此情况下，蔡元培不得不改变不撤换陈独秀文科学长的初衷。

4月8日，北大文理科教授会议通过文理科教务处组织法，马寅初出任第一任文理科教务处长，陈独秀在机构调整中被撤掉文科学长一职，改任国史馆编纂。

事实上，陈独秀的被免职，一方面是来自官方的压力，另一方面，与他的个性及生活态度是分不开的。用章士钊的话说，陈独秀“言语峻利，好为断制，性狷急不能容人，亦辄不见容于人”，使他树敌太多。汤尔和原本是陈独秀出任北大文科学长的举荐人，但在1918年5月，汤尔和给陈独秀写信，陈独秀却将他毫不客气的回信发表在《新青年》4卷5号上，令汤尔和衔恨在心。而陈独秀生活中不拘小节，甚至出入烟花柳巷，实为授人以柄。

关于陈独秀出入八大胡同一事，早在1918年初高君曼就听到传言，为此常与陈独秀发生争吵，骂陈独秀是“无耻之徒”。陈独秀不甘示弱，反讥她“故作清高”。陈独秀脾气暴躁，高君曼则动辄哭号，从此陈宅里变得火药味十足，以致陈独秀见到高君曼就心烦。如今陈独秀被免职，更印证了出入八大胡同的传言属实，高君曼对陈独秀的态度更加冷漠，背后时常落泪。