令张国焘更为出乎意料的是，中共中央、中革军委随后作出放弃宁夏战役的决定，提出《作战新计划》，决定渡河部队成立西路军军政委员会，陈昌浩任军政委员会主席，徐向前任副主席。然而，蒋介石在西路军过河伊始，便指使西北军阀马步芳、马步青等部骑兵对过河红军进行“兜剿”。

西路军面对强敌，尤其面对马家军骑兵，在既无后方又无补充、无粮无水的情况下，孤军奋战，损失惨重。陈昌浩、徐向前等人于1937年1月上旬两次致电军委主席团，请求将第四军、第三十一军“归还建制”，即令四军和三十一军过河增援，均被拒绝。

到3月上旬，西路军的情况已岌岌可危，3月4日，中央书记处致电西路军，认为西路军陷入危险境地的主要原因，是由于西路军领导没有依靠自己的力量战胜一切困难，消灭敌人，而是把希望寄托在外力的援助上；与群众尤其是回民的关系以及战略战术上的错误，也是导致失败的重要原因。认为西路军领导的这种错误，是以前四方面军另立中央时采取的右倾退却机会主义的继续，建议他们彻底揭发过去与现在的错误，开展自我批评，在政治上军事上得到彻底转变，以此保证最后的胜利。

此时，张国焘已于1936年12月与朱德率领红军总部及红四方面军红军大学前往陕北保安，与党中央会合，又随中央机关从保安迁到延安。但他密切关注着西路军的命运，毕竟西路军主要由红四方面军组成。原想借机在河西为红四方面军找一个安身之地的计划破产已令他十分沮丧，如今西路军陷入孤立无援中，更令他心急如焚。

西路军面临绝境时，中共中央及军委除在3月4日发表电令外，在17日的电令中，再次将西路军的败局与张国焘擅令四方面军南下、另立中央的错误相提并论，严厉谴责西路军领导人所谓“机会主义路线”与“一贯反中央及军委指示”的错误。

西路军兵败不久，清算张国焘路线的斗争在全党全军展开，中央总负责的张闻天、中宣部长何克全（凯丰）亲自召集会议、撰写文章，发动对“张国焘主义”的批判。

西路军过河是中共中央、中革军委的决策与部署，放弃宁夏战役计划也是中央的决议，将西路军孤零零地扔在河西走廊，在恶劣的自然环境中，与西北军阀“二马”的强悍骑兵角逐，失败是必然的。这是中共中央、中革军委战略决策与军事指挥上的失误，将这笔账算到张国焘头上，令张国焘感到既愤怒又冤屈。对于率红四方面军南下另立中央的错误，张国焘无可否认，但将西路军2.18万人几乎全军覆没的罪责强加到他的头上，令他无论如何也不能接受。