钱玄同和黄侃师出同门，黄侃被称为“章门天王”，钱则被称为“章门南王”，章太炎在其《自撰年谱》“宣统二年条”中说：“弟子成就者，蕲黄侃季刚，归安钱夏季中，海盐朱希祖逖先。”黄侃反对白话，戏呼钱玄同为“钱二疯子”，有诗戏之曰：“芳湖联蜀党，浙派起钱疯。”

钱玄同写给儿子钱三强的条幅1932年，章太炎在北京讲学，钱玄同对老师毕恭毕敬，亲自担任翻译，因为章的浙江话，很多北方同学听不懂。一次，钱、黄二人在章太炎住处的客厅里相遇，与在座客人一起等候老师出来，黄侃忽呼钱玄同曰：“二疯！”钱玄同闻之不悦。黄侃继续说道：“二疯！你来前！我告你！你可怜啊！先生也来了，你近来怎么不把音韵学的书好好地读，要弄什么注音字母、白话文。”两人于是争辩起来，最后钱玄同大怒之下，拍案厉声曰：“我就是要弄注音字母！要弄白话文！混账！”于是双方吵了起来。章太炎闻声，连忙出来排解，哈哈地笑着说：“你们还吵什么注音字母、白话文，快要念‘アイウエオ’了啊！”

又在《致潘景郑书》中写道：“季刚兄作古，闻之心痛。弟与季刚自己酉年订交，至今已廿有六载。平日因性情不合，时有违言。唯民国四五年间商量音韵，最为契合。廿一年之春于余杭师座中一言不合，竟至斗口。岂期此别竟成永诀。尤今思之，吾同门中精于小学文辞如季刚者有几人耶？”由此可见，钱、黄二人，虽因“性情不合，时有违言”，但钱对黄还是心怀敬重的。

当外在的压力消失，个人也跨过激昂渐渐冷静成熟，不惑之年的钱玄同曾说自己从前种种过激的言论“十之八九都成忏悔之资料”。1919年后，钱玄同决意退回书斋，专攻语言文字研究。钱玄同编著的《文字学音篇》是我国高等院校汉语音韵学课程最早的一部教材，但钱玄同对这部教材不甚满意，说其“百孔千疮”、“多一个人看见，就使我心中加一分难受”，常说要修改，不愿公开出版。但该书的影响实在太大，不仅北大校内，校外也有很多人来买，所以一版再版。1921年这部讲义重印时，钱玄同在《文字学音篇·再版序》里自己列出了该书的六条不足。

钱玄同在北大主讲文字学时，上课从来不带书本，除粉笔之外，身无长物，口讲指画，滔滔不绝。一个字的含义，往往要解释好几个小时，随口引证《说文解字》、《尔雅》，原原本本，绝无差错。

钱玄同生性狂狷，治学不守“家法”。作为古文派大师章太炎的入室弟子，钱玄同有非常高的古文经学造诣，然而后来他又拜今文经学大师崔适为师，并自称“乃始专宗今文”。但据实来说，对于古文和今文，钱玄同都是“离经叛道”之徒。章太炎就曾因为钱玄同学习今文经学和提倡白话，戏称钱“畔师”。20年代初，钱玄同和大学刚毕业的顾颉刚讨论今古文，以《聊斋志异》上的故事举例，说明他们这一代学人治学应该有的态度。书生桑生先后接纳了两名女子，这两个不安分的女人，老是互相攻击，一个说对方是鬼，一个说对方是狐，桑生起初以为她们只是妒忌，说着玩玩，经过一段时间的考验，发现她们果然是鬼是狐，事实证明两个女人说得都对。这个故事正好可以用来面对今古文之争。今文学家说古文经过刘歆伪造，说的是对的；古文学家说今文不符合孔子的意思，也是对的。因此，现代学人今天要做的事情，就是用古文学家的观点来批评今文学家，用今文学家的观点来批评古文学家，从相互指责之中，把各自的假面目戳破。