对于学生，梅贻琦主张进行通才教育。认为学生不应仅有专门知识，更应受到贯穿在整个大学课程中的普通教育，使每个学生对于自然科学、社会科学皆能融会贯通。梅贻琦说：“学问范围务广，不宜过狭，这样才以使吾们对于所谓人生观得到一种平衡不偏的观念。对于世界大势文化变迁，亦有一种相当了解。如此不但使吾们的生活增加意趣，就是在服务方面亦可以加增效率，这是本校对于全部课程的一种主张……”不但如此，梅贻琦更希望学生能够将做学问和做人贯通起来，修己正身，同时又对社会有益。

梅贻琦的教育思想以孔孟之道为主，又融会了希腊及西方的学术自由与民主法治思想，甚至希腊人崇尚体育的精神，也在清华得到有力的贯彻。当时清华规定所有学生体育课必须及格，否则不能毕业。这种重视体魄、期望学生全面发展的思想，一直延续到后来的西南联大和复校后的清华。

梅贻琦的座右铭之一是“为政不在多言，顾力行何如耳”。叶公超形容他“慢、稳、刚”。曾在清华任教的蒋复璁说：“初以为办公事他不大内行，孰知竟是行政老手。”

20世纪30年代中期，中国社会动荡，内忧外患，学生运动也此起彼伏。学校当局面对来自各方的压力，既要保证正常的教学，又不能一味地打击学生的热情，在各种风潮中还要尽力保护学生们的安全，可谓举步维艰。

1936年2月29日，冀察政委会委员长宋哲元派军队进入清华大学，抓捕中共地下党蒋南翔等人，但他们受命不能使用枪弹，一些学生于是得以打退士兵，推翻了他们的汽车，抢回了被捕的同学，甚至扣押了领队的团长。当晚，一个师的部队荷枪实弹并附有大刀队进入校园，按照拟好的“黑名单”向学校索要学生住处名单以便对号抓人。

白天的事情发生后，学校领导层人员紧急在梅贻琦家里召开会议，研究对策。参加者叶公超后来回忆说：“几乎每个人都说了很多话，唯有梅先生自己默然不发一言。大家都等着他讲话，足足有两三分钟之久，他老先生还是抽着烟，一句话不说，结巴的冯芝生（冯友兰）最后就问梅先生说：‘校长你——你你看怎么样？’梅先生还是不说话。我就忍不住了。我说：‘校长，您是没有意见不说话？还是在想着而不说话？’梅先生又隔了几秒答复我：‘我在想，现在我们要阻止他们来是不可能的了，我们现在只可以想想如何减少他们来了之后的骚动。’”

当时学校左右为难，给名单不行，不给名单也不行，最后梅贻琦急中生智，给了官方一份去年的学生名单。按照清华的传统，学生宿舍每年都要来一次大调整，去年的学生今年早已搬到别的地方去了。结果，军警们胡乱抓了20人，想抓的却一个也没有抓到。

在军警抓人的过程中，清华教务长潘光旦曾打电话给当局进行交涉，目睹的同学误以为他是在通知当局抓人，消息传开，学生们将潘光旦拥到大礼堂前质问围攻，潘年轻时因伤失去一条腿，需拄双拐，愤怒的学生们将他的双拐丢在地上，梅贻琦挺身而出道：“你们要打人，来打我好啦。你们如果认为学校把名单交给外面的人，那是由我负责。”并以极沉痛的口气告诫同学：“青年人做事要有正确的判断和考虑，盲从是可悲的。徒凭血气之勇，是不能担当大任的。尤其做事要有责任心。你们领头的人不听学校的劝告，出了事情可以规避，我做校长的是不能退避的。人家逼着要学生住宿的名单，我能不给吗？”停了一下，梅贻琦说：“我只好很抱歉地给他一份去年的名单，我告诉他们可能名字和住处不太准确的。”最后梅贻琦表示：“你们还要逞强称英雄的话，我很难了。不过今后如果你们能信任学校的措施与领导，我当然负责保释所有被捕的同学，维持学术上的独立。”