作为哲学系教授和文学院长，冯友兰是西南联大各项事务的重要参与者和引领者。国难当头之际，全校师生和衷共济，共克时艰，用他们的坚定信念和赤子之心，创造了中国甚至是世界教育史上的一个奇迹。

冯友兰曾说过：“不有居者，谁守社稷？不有行者，谁捍牧圉？”他认为，世界诸事各有分工，人应该在自己的领域尽职尽责，“努力做其应有之事”。

西南联大时期，学校师生的生活相当艰苦，在冯友兰的《自述》中，有这么一段描述：“联大文学院就设在海关衙门里面……那座海关衙门久不住人，杂草丛生，好像一座废园，其中蛇类很多。有一位同事，晚上看见墙上有条大裂缝，拿灯一照，原来是一条大蟒倒挂下来。”联大师生在荒草丛生、虫蛇出没的环境中教学，其艰苦情形可想而知。

然而，困难远远不止这些，根据冯友兰小女儿宗璞女士回忆：“1942年以前，昆明常有空袭，跑警报是家常便饭，是每天必修之课。师生们躲警报跑到郊外，在乱坟堆中照常上课。”在民族危亡之际，国家残坏，生灵涂炭，让人不能不奋发，虽然上有敌机轰炸，下有贫困煎熬，师生们仍然以不屈不挠的坚强毅力，拼命地教，玩命地学，努力做着自己该做的事。作为老师，为了激励学生，冯友兰甚至站在弹坑里为大家上课。联大师生不仅在教学上“努力做其应有之事”，根据联大校史记载，联大先后有八百多名学生参加了抗日，这在联大毕业的三千名学生中，是一个相当大的比例。面对国家危亡，青年学子们以满腔热血，投笔从戎，为祖国和人民奉献着鲜血和生命。

被旅美历史学者何秉棣称为“得力之人”的冯友兰，自1938年起担任文学院长，积极参与学校的领导工作，是西南联大决策管理层的最重要成员之一。

1942年，教育部训令统一全国教材和考试，要求联大按照统一核定的课程教学。为了维护自由的教学环境，联大教务会致函教务委员会加以驳斥，该函即是由冯友兰执笔。函中，他慷慨铺陈五大理由，说明训令的不可理解，指出大学不可千篇一律，只有包罗万象、推陈出新，方能促进学术的进步。同时，冯友兰以孙中山先生的权能分立说，驳斥教育部的权责不分，他说：“教部为最高教育行政机关，大学为最高教育学术机关，教部可视大学研究教学之成绩，以为赏罚殿最。但如何研究教学，则宜予大学以回旋之自由。律以孙中山先生权、能分立之说，则教育部为有权者，大学为有能者，权、能分职，事乃以治。今教育部之设施，将使权能不分，责任不明。”最后，他话锋一转，由慷慨陈词的斗士变为善解人意的知心人，他从教育部的角度说：“然全国公私立大学之程度不齐，教部训令或系专为比较落后之大学而发，欲为之树一标准，以便策其上进，别有苦心，亦可共谅，若果如此，可否由校呈请将本校作为第……号等训令之例外？”

在这一开一阖中，体现的是他为学校争取学术自由的高度智慧和责任心。最终，西南联大在这场斗争中取得了胜利，它没有被教育部的训令所牢笼，继续坚持着兼容并包的学术氛围。