民族危亡之际，艰难困苦之中，冯友兰不仅传道授业解惑，并为西南联大的管理贡献着力量，还在努力构建着自己的哲学体系。据他的女儿宗璞记述，被冯友兰称为“新理学”的“贞元六书”，“第一本《新理学》写在南渡之际，末一本《新知言》成于北返途中”，正好伴随着抗日始终。“六书”体现了冯友兰的哲学思想体系，以被他称做“横渠四句”的“为天地立心，为生民请命，为往圣继绝学，为万世开太平”为出发点，结合西方哲学方法，“接着”宋明以来的理学讲，将传统哲学进行更深入的阐释，赋予古典哲学以现代的意义。

冯友兰认为：“中国过去的正统思想既然能够团结中华民族，使之成为伟大的民族，使中国成为全世界的泱泱大国，居于领先的地位，也必然能够帮助中华民族渡过大难，恢复旧物，出现中兴。”受此认识激发，他梳理传统哲学思想，创作了“贞元六书”。其中，《新理学》是“六书”的总纲。《新事论》试图解决有关人类、社会、历史等实际问题。《新世训》则是他对青年修养问题作的思考。《新原人》是关于伦理学的著作，它指出人的“四种境界”即“自然境界、功利境界、道德境界、天地境界”。《新原道》是宣传中国思想文化的著作。《新知言》是关于哲学方法论的著作。六本书分别从自然、社会、历史、人生进行阐发，形成一个有机的整体，充满了时代的责任感、洋溢着民族复兴的激情，也推动了中国哲学的现代化。

“贞元六书”出版后，获得各方的告诉评价。贺麟说“冯先生《新理学》一书出版后，全国各地报刊杂志，以及私人谈话、发表的评论，异常之多，引起国内思想界许多批评、讨论、辩证、思考，使他成为抗战期间，中国影响最大声名最大的哲学家”。朱光潜认为：“近一二十年，关于中国哲学方面，我还没有读到一部书比冯友兰先生的《新理学》更好。它的好并不在作者企图创立之一种新哲学系统，而在他有忠实底努力和缜密底思考。”