西南联大所处的时代，日本侵略者在辽阔的中华大地上烧杀掳掠，苦难的中国人民在炮火中抗争，在战争的缝隙中生存。这一时期的朱自清曾有过一段短暂的轻松时光，更多的却是长期的贫病的折磨。

1940年夏，朱自清按照西南联大的制度开始为期一年的年假，他携夫人孩子离开昆明，去了夫人陈竹隐的故乡四川成都。这一年，他一方面可以有充裕的时间开展自己的学术研究。在这一年中，他编写了两本国文教材，写了研究文学史的入门书《古典长谈》，这本书涉猎范围十分广泛，也用功很深，他希望“读者能把它当做一只船，航到经典的海里去”。另一方面他也有时间游山沥水，与叶圣陶、肖公权等老朋友赋诗唱和，饮酒畅谈。朱自清假期结束时，叶圣陶到码头相送并赠诗两首，其中一首写道：“此日一为别，成都顿寂寥。独寻洪度井，怅望宋公桥。诗兴凭谁发？茗园复孰招？共期抱贞粹，双鬓漫萧条。”朱自清在路上也和韵两首，其中一首道：“我是客中客，凭君慰寂寥。情深河渎水，路隔短长桥。小聚还轻别，清言难重招。此心如老树，郁郁结枝条。”这是一段令人神往的充实而快乐的时光。但快乐往往短暂，休假回到学校的朱自清，等待他的是孤独、饥饿、疾病和痛苦。

日机狂轰滥炸下的昆明，货币贬值，物价飞涨，由于朱自清子女多，他和夫人又常常生病，尽管他每日熬夜写作，能挣一些微薄的稿费，但依然入不敷出。为了节省开支，休假结束后，朱自清不得不把夫人和孩子留在了成都。作为朱自清的老朋友，沈从文在《不毁灭的背影》中，对他休假之后的状况有一段描述：说这位“《毁灭》与《背影》的作者”，常常孤独地站在窗边，“没有散文没有诗，默默地过了六年”，他的“憔悴清瘦的影子”让人难以忘怀。然而，西南联大时期的朱自清不仅是孤寂，还饱受着饥饿和病痛的折磨。

在1941年3月8日的日记中，他写道：“过去从来没有感到饿过，并常夸耀不知饥饿为何物。但是现在一到十二点腿也软了，手也颤了，眼睛发花，吃一点东西就行。”在箪食瓢饮艰苦条件的摧残下，加上夫人陈竹隐女士又不在身边，朱自清的胃病日渐严重，以至于在他的日记中，经常可以看到他关于“胃痛”“胃部不适”等描述，令人欷歔叹惋。对于朱自清来说，1944年和1945年是最艰难的年份。1944年，远在扬州的女儿离开人世，8个月后的1945年4月，他的父亲又因病去世，他在四川的妻子又长年生病，而他的胃病又一天比一天加重。在那种艰难的条件下，他没有被击倒，依然孜孜不倦地工作，在繁重的教学及代课之余，创作了《新诗杂谈》《诗言志辩》等重要的学术著作。

朱自清像蜡烛般燃烧着自己，终于挺到了“抗战”的胜利，但他在西南联大北返后不久，即于1948年以50岁的寿命英年早逝，这当然不只是因为不领美国救济粮所致，还有西南联大时期贫病累积的原因。

朱自清去世后，邓以蛰教授在挽联中深情地写道：“举目伤心，此去焉知非幸事。一寒澈骨，再来不作教书人。”