1912年，孙中山将中华民国临时大总统一职，让给了袁世凯，以换取其反清。但袁世凯很快就露出了专制独裁的真面目。1913年3月20日，袁世凯派人刺杀了国民党领导人宋教仁。此后，以孙中山为首的革命党人，主张用武力讨伐袁世凯。但不到两个月，讨伐行动宣告失败，孙中山被迫南下广东。

袁世凯得到消息，立即电告香港情报人员采取行动，企图暗杀孙中山。电文中说：“匪首孙文，前日乘德公司船赴粤，望速密商宝璧等舰，佯往欢迎，接赴粤省，诱上舰后，出口处死沉海。执行人员除补官赏勋外，并奖洋十万元。”

1913年8月3日，孙中山乘德国轮船“约克”号到达福建马尾。了解袁世凯政府内情的日本驻华领事馆武官多贺宗之少佐，上船面见孙中山，告之福建不宜久留。他建议孙中山改乘日轮“信浓丸”，经台湾转赴日本。孙中山接受了建议，于次日抵达台北，下榻于梅屋敷（现台北中山纪念馆）。当时的梅屋敷，是一家日本料理店。孙中山在此居住期间，受到日本警方多名警卫的保护，外人都不知他的行踪。

8月5日，孙中山前往日本。其间，日本政府曾致电台湾总督，要他劝孙中山转往日本以外的其他地方，但被孙中山拒绝。途中，他曾通过电报告诉日本友人犬养毅、头山满等人：“希在日暂住，俾便指挥。”

日本首相山本权兵卫见劝说无效，准备接受袁世凯的要求，不准孙中山登陆，并要逮捕他。但是，和孙中山交好的犬养毅认为，日本政府不该因孙中山暂时的失败就冷待他。他决定亲自去找山本首相进行交涉。

8月9日，孙中山抵达日本神户港。神户水上警察署的事务长，带领警队登船搜查。船长郡宽四郎是孙中山的旧友，他机警地让孙中山躲进船长办公室的一间小屋，然后若无其事地把事务长请进办公室喝茶。3个小时过去了，警察一无所获，只得悻悻地下船离开。孙中山就这样有惊无险地过了这一关。

几乎与此同时，在犬养毅的劝说下，日本首相最终同意孙中山上岸，但要求他不能公开走动。

但是，危险仍然没有消失。袁世凯在孙中山乘船离开福建时，就已发出密令，要求驻日大使馆组织暗杀团，在孙中山抵达日本后实施暗杀行动。一时间，刺客四处活动，到处探听孙中山到达日本的确切消息。

8月17日，孙中山在几名日本便衣警察的护送下，辗转来到了日本首都东京。

在东京期间，孙中山隐居在头山满家隔壁的一座住宅内，4名便衣警察与他同住，提供不分昼夜的保护。所有来探望他的人，必须先经过头山满家的一个通道，然后由便衣警察征求孙中山的意见，“如同意见面……（访客）接受便衣警察的搜身，看是否暗藏有凶器及危险物品等，完毕后，再脱鞋……穿过十二三张榻榻米的走道，到孙文房间的外面，通报一声，打开房门，再进到孙文的房间”。

孙中山就是在这样的状态下，在东京住了两年又九个月，成功地避开了袁世凯的暗杀。