“甲申事变”之后，中法战争结束，清廷得以将目光转向朝鲜。在袁世凯的积极努力下，日本在朝鲜的气焰被打压，朝鲜亲日势力也受到了重创。

正当日本收缩在朝鲜势力的空当，俄国开始了在朝鲜的渗透。当时朝鲜亲俄的主要头目为穆麟德，他是由清朝廷任命的朝鲜海关总税务司大臣，因为勾结俄国驻朝鲜参赞、放任俄国在朝鲜练兵而被清廷罢免，只能担任朝鲜的小官。事后，怀恨在心的穆麟德开始更加猖獗地与俄国势力来往，企图帮助俄国势力控制朝鲜，很快，在朝鲜国王李熙身边就集结了不少亲俄势力。早在1885年，袁世凯就注意到穆麟德心怀不轨。穆麟德曾经是李鸿章亲自举荐的，袁世凯并无避讳，而是四处游说清廷及朝鲜大臣，揭露穆麟德的不轨之心。袁世凯还曾多次向朝鲜国王游说，劝说李熙免去穆麟德在朝鲜的职务。在袁世凯的努力下，穆麟德在朝鲜的所有职务被免除，并被驱逐出境。

袁世凯两次进入朝鲜，都是以维护中国在朝鲜的宗主地位为最终目的的。作为驻朝鲜使臣，袁世凯也意识到朝鲜作为中国的邻国，在国防方面具有很重要的地位。除了驱逐外国势力、稳定朝鲜局势之外，袁世凯还鼓励国人到朝鲜经商，并对其进行最大程度的保护，一时间，中国在朝鲜商会林立，贸易往来较以往更为频繁。

袁世凯在朝鲜期间，日本、俄国势力都受到很大的打击，二者在朝鲜的经济利益也受到严重的挤压，在日本人眼里，袁世凯成了其扩大势力最大的绊脚石。1894年，朝鲜东学党起义，日本趁机出兵朝鲜，7月，朝鲜局势已经基本到了日本的掌控中。袁世凯曾向朝廷请求派兵救援，朝廷始终没有给出答复，清政府设在朝鲜的大使馆宛如孤岛，而另一边，日本正极其周密地计划着对袁世凯的暗杀行动。

日本的暗杀计划进行得十分保密，在计划实施的一个多月里，袁世凯没有听到过丝毫风声。直到7月19日这天，一名朝鲜官员偶然间得知日本当晚要暗杀袁世凯，经过一番思想斗争，他终于决定把这件事告诉自己的好友唐绍仪。

唐绍仪当时也在朝鲜任职，暗杀时间是这天晚上，当他听说这件事时，下午已经过去了一多半。他来不及多想，赶快找到英国领事求助。这天晚上，袁世凯乔装成当地农夫，唐绍仪在一旁持双枪护卫，两人穿过小巷来到码头，英国军船已经等候多时。来不及向英国领事言谢，袁世凯登上了军船，这时，杀手刚刚追赶到码头，发现袁世凯已经乘船逃离了。

回国之后，袁世凯回想起当时逃走的情景，不由得身冒冷汗。1894年7月25日，袁世凯惊魂未定，甲午战争就爆发了。在接下来的一年当中，清廷高层为究竟作战到底还是议和发生了分歧。1895年，袁世凯向朝廷提交了一份的报告，报告以自己几年来在军中所见为基础，详实地记录了清军纪律涣散、装备落后、军官怠职等现象，论述清军与刚刚经过明治维新的日本相比实力悬殊，根据袁世凯的推断，如果不早日与日本议和，天津、北京都将有失守的可能。

这份报告着实令沉醉于“天朝大国”美梦中的慈禧和光绪震惊。为了尽早结束战事，1895年3月，朝廷派李鸿章等人前往日本进行谈判，日本倚仗美国的支持对李鸿章一行施压，迫使中国签订了不平等的《马关条约》。

《马关条约》签订之后，日本在朝鲜的利益得到承认，辽东半岛、台湾的割让以及巨额的赔款，使清朝多数知识分子瞬间觉醒，他们意识到中国已经到了非变不可的大时代，纷纷登上政治舞台，寻求救国良方。针对清军战斗力低下的现状，以袁世凯、徐世昌为代表的开明官僚开始呼吁朝廷整顿军队，兴练新军。

当时，朝廷当中不少大臣都早已感到军队的日益腐朽，清军军制处于想改而不知如何改的尴尬境地，甲午一战之后，清廷终于痛下决心，下令对军队进行改革。