当然，对于政敌复兴社的康泽系，蒋经国在信中参了一本，抱怨道：“在表面上，各派小组目前虽已取消，而事实上依然存在。多数青年如不加入甲派，即须加入乙派，否则在社会上即难立足。事实上革命青年任何一派皆不愿加入。至于过去各小组织中之老干部，多已失去革命意识，生活亦多已腐化，此种组织力量恐一时难以消灭，而革命欲求其成功，则非有组织不可。儿意补救之道，惟有以正大光明之态度，组织以三民主义革命新干部青年团，本为最理想之青年组织，但目前已逐渐开始变质成为少数人所利用之团体，目前青年团可谓全由组织处所把持，各省团部均布置私人，故不易吸收新干部入团。”

事实上，蒋经国指责组织部腐化，没有革命意识，亦确系切中时弊之批判，并说：“现时一般希望升官发财者，多愿入团受训，以获得中训团资格，作为做官之护身符……以上所陈俱属实情，儿既知其危，故不敢不禀告大人作为参考。”

1944年10月，为了抵抗日军进犯中国大后方，蒋介石喊出“十万青年十万军，一寸河山一寸血”，“青年的胸膛就是祖国的国防”的口号，号召热血青年从军，包括蒋经国、蒋纬国在内的国民党政府政要子弟争先报名。是年冬，“青年远征军”编练总监部成立，蒋介石任罗卓英将军为“训练总监”，彭位仁和黄维将军为“训练副监”，蒋经国为编练总监部的政治部主任。

青年军九个师所有的政工人员全由蒋经国任命。为了培训政工人员，蒋经国在重庆复兴关成立一个青年军政治工作干部训练班，并自任班主任。

抗战胜利后，为了安排这批知识青年的生活问题及工作去处，在蒋介石的指示下，1946年2月成立“青年军复员委员会”，由军政部部长陈诚兼任主任委员，蒋经国任副主任委员，4月改名“青年军复员管理处”，隶属军委会，下分就学、就业、联络、总务等四个组，陈诚兼任该处处长，蒋经国和邓文仪、彭位仁为副处长。

1946年5月30日，为了配合日后施行宪法，国民党国防最高委员会决议将国民党政府军事委员会及其下属各部门予以裁撤，并在行政院之下设置国防部，取代军事委员会的原有一切职能。1946年6月1日，国防部于南京成立，蒋介石任命桂系大将白崇禧为国防部部长，陈诚为参谋总长。

青年军复员管理处因此要撤销，但这个单位可是蒋经国的嫡系机关，青年军是太子帮命脉之所系，在蒋经国的安排下被赋予新的任务，在国防部之下成立了三个局。其中，职司情报整合的单位是“监察局”，由彭位仁奉命筹建；职司对外宣传的单位是“新闻局”，由邓文仪总其成；蒋经国则亲自负责筹建“预备干部局”。