1755年8月，阿睦尔撒纳正式宣布自己为准噶尔汗，发兵包围清朝驻军，原本被乾隆加封为绰罗斯汗的噶勒藏多尔济，封为辉特汗的巴雅尔等大贵族也群起响应。伊犁的清军孤立无援，班第、鄂容安自杀，萨喇勒被俘。上至乾隆皇帝，下至前方将士都群情激奋，怒发冲冠，众口一词：立即发兵进剿。

乾隆皇帝不再“柔远”，咬牙切齿地说：“实因伊等叛服无常，不得不除恶务尽也。”于是下令“必使无遗育逸种于故地而后已”，对准噶尔人进行大屠杀。

一时间天山草原到处是“呼壮丁出，以次斩戮……妇孺悉驱入内地赏军”的景象。阿睦尔撒纳失败后投奔沙俄，不久病死。至此，历经康、雍、乾三朝，历时68年，平定准噶尔的战争以清廷的胜利而告终，新疆重新归入中国版图。

乾隆皇帝志得意满，立平定准噶尔勒铭格登山之碑：

格登之崔嵬，贼固其垒。我师堂堂，其固自摧。格登之嶻壀，贼营其穴。我师洸洸，其营若缀。师行如流，度伊犁川。粤有前导，为我具船。渡河八日，遂抵格登。面淖背崖，藉一昏冥。曰捣厥虚，曰歼厥旅。岂不易易，将韬我武！将韬我武，讵曰养寇？曰有后谋，大功近就。彼众我臣，已有成辞；“火炙昆冈”，惧乖皇慈。三巴图鲁，二十二卒，夜斫贼营，万众股栗。人各一心，孰为汝守？汝顽不灵，尚窜以走。汝窜以走，谁其纳之？缚献军门，追悔其迟！于恒有言：曰杀宁育。受俘赦之，光我扩度。汉置都护，唐拜将军，费赂劳众，弗服弗臣。既臣斯恩，既服斯义，勒铭格登，永诏亿世。

乾隆二十年，岁次乙亥，夏，五月之吉御笔

直至数十年后，在一代文豪龚自珍笔下，仍然是“准噶尔故壤，若库尔喀喇乌苏，若塔尔巴哈台，若巴尔库勒，若乌鲁木齐，若伊犁，东路西路，无一庐一帐是阿鲁台（即厄鲁特）故种也”。

准噶尔人与他们的汗国一起消失，只留下准噶尔盆地这个名称。

余生的准噶尔人不敢称自己为准噶尔人，而称厄鲁特人，久而久之。便忘了原来的准噶尔之名。后来，清朝开始招抚他们。陆续归附的准噶尔人被安置在今天伊犁尼勒克县，编为右翼，设五旗，被称为下五旗，后划为十个苏木，他们是现今尼勒克县十苏木厄鲁特的祖先。