一次，袁世凯差人送来五百大洋，差役刚将“袁大头”银圆置于桌上，章太炎突然抓起银圆砸向来者，吼道：“袁奴快滚！”袁世凯又变着法儿软化章太炎，或移居条件更好的龙泉寺，或派儿子袁克定来送锦缎被褥，章太炎还是怒目而斥。只有弟子钱玄同、吴承仕前来探视时，章太炎才恢复常态，把酒言欢。

1914年1月7日晨，北京寒气袭人。章太炎到总统府，点名要见袁世凯，门卫赶紧向袁世凯通报，并云章太炎足蹬破靴，手持羽扇，将袁世凯授予他的勋章做扇坠。袁世凯听罢，不想自讨没趣，便以有事推脱，不敢出面，派了幕僚梁士诒出面应酬。谁料梁士诒尚未来得及开口，便被章太炎骂了回去：“我要见袁世凯，谁要见你！”就这样，从清晨到夕阳西下，袁世凯不见，章太炎不走，一直在招待室坐着大骂袁贼，还把招待室的名贵器物砸得稀巴烂。如此这般，袁世凯只好派人通知章太炎，谎称要见他，扶他上车，拉到石虎胡同陆军教练处监禁起来，后又转到东四钱粮胡同。

1917年，护法运动起，书生章太炎任广东护法军政府秘书长，奉孙中山之命去西南，督促军阀唐继尧接受广东护法军政府节度指挥，令其发兵东下，与广东护法军会合，壮大北伐护法声威。但章太炎到昆明一看，唐继尧并无出兵护法的诚意，其所管辖的地方，混乱不堪。一气之下，章太炎大白天提着灯笼在街上行走，灯笼上用朱笔写着“大元帅府秘书长章”，引来很多好奇的市民围观。有人问：“大白天，为何提灯而行？”他说：“此地鸦片种得太多，漆黑一片，不用灯照，何以举步？”

1925年3月，孙中山病逝，灵柩运到南京。在日本时章太炎、黄兴与孙中山关系甚密，人称“孙、黄、章”。在中山陵举行奉安大典时，章太炎前去吊唁，其时，革命党人多已腐化变质，章太炎心中愤慨。这些昔日的战友、如今的达官显贵，自然要为章太炎接风洗尘、大摆宴席。有人请民国元老章太炎题字，于是他借题发挥，立刻写了一副对联：“诸君鼠窃狗跳，斯君痛哭；此地龙盘虎踞，古之虚言。”众人愕然。章太炎另写有挽联：“孙郎使天下三分，当魏德初萌，江表岂能忘袭许；南国是吾家旧物，怨灵修浩荡，武关无故入盟秦。”挽联借三国与屈原故事，批评孙文。而传说章氏还曾写过“举国尽苏俄，赤化不如陈独秀；满朝皆义子，碧云应继魏忠贤”挽联，系杜撰，不足信。

章太炎一生弟子上百，不少都成为民国时期思想界、学术界、教育界执牛耳者，如前面所说的黄侃诸人。知生莫如师，章太炎对自己的弟子也有他自己的评价。他在自订年谱中说：

弟子成就者，蕲春黄侃季刚，归安钱夏季中，海盐朱希祖逖光。季刚、季中皆明小学，季刚尤善音韵文辞；逖先博览，能知条理；其他修士甚众，不备书也。

黄侃是章门大弟子，入门最早，最为聪慧，也深得章太炎学问的真传，特别是在音韵学方面，已青出于蓝而胜于蓝。黄侃先于老师而逝，章太炎曾评曰：“大国手门下，只能出二国手。而二国手门下，却能出大国手。”他解释说，“大国手的门生，往往恪遵师意，不敢独立思考，学术怎会发展？二国手的门生，在老师的基础上，不断前进，故往往青出于蓝，后来居上。所以一代大师顾炎武的门下，高者也不过潘耒之辈，而江永门下，竟能出现一代大师。”

在国学方面，黄侃与章太炎并称“章黄”；在文字学、训诂学上，他们师生被称为“章黄学派”。另外，在章门弟子中有“四大金刚”，即黄侃、汪东、钱玄同和吴承仕。后人又将黄侃、汪东称为“章门二妙”。