“皖南事变”发生时日军正将原驻防镇江地区的独立第十二混成旅团调到苏中沿江和运河沿线，又加紧引诱泰州地区的国民党苏鲁皖游击总指挥部副总指挥李长江率部投降。日军准备李部投降后，立即大举进攻海安、东台、盐城等地，歼灭新四军军部和新四军苏北主力。

此时的日军兴奋异常，加紧向华中各根据地“扫荡”。1月11日，3000多日军占领黄桥，下午又派出16架轰炸机轰炸盐城。盐城上空顿时防空警报大作。

当时粟裕正在盐城中学参加会议，听到防空警报后，他和与会人员陈丕显、叶飞及张鼎丞、彭雪枫、黄克诚、罗炳辉、谭震林等人迅速散开。这些人身经百战，都忙而不乱。抗大分校的学生有的隐蔽在校园内，有的转移到旧城墙脚下的防空壕里。轰炸机飞得很低，低到可以看清座舱里飞行员的脸。日军飞机连续不断扔炸弹，轮番俯冲扫射，持续了半个多小时。

粟裕隐藏在校园内，看着肆无忌惮、如入无人之境的鬼子轰炸机苦笑：城里和乡下区别很大，将总指挥部建立在盐城这样一个县城肯定有好处，但抗日战争是长期的、残酷的。在敌强我弱、又完全没有制空权的情况下，走农村包围城市，坚持游击战争的道路才是不败的真理。以前新四军、八路军隐藏在农村里，日军的飞机大炮全无用武之地。现在好了，他们全可以用上了。

盐城中学被炸塌了几幢房子，总指挥部所在地文庙也被炸多处。刘少奇、陈毅当时都在文庙焦急等待着皖南和延安的电报，没来得及做隐蔽，被炸弹掀起的泥土溅了一身，幸无大碍。有一名炊事员被弹片击中牺牲，房屋也有损坏。西门登瀛桥附近的民船，被炸弹炸毁数艘，死伤百姓十余人。

12日，粟裕参加总指挥部在盐城郊区仓头召开的旅长以上的干部会议。此时军部已经被围困几个昼夜了，弹尽粮绝，面临全军覆没的危险。刘少奇和陈毅决定将主力分为南、北两线展开。北线由八路军张爱萍、梁兴初率部对付由山东南下的反共军，南线重建新四军苏北指挥部，由粟裕率领回驻东台以应付南线严重局势。当天刘少奇和陈毅致电中共中央，建议由八路军山东部队准备包围沈鸿烈部，新四军苏北部队准备包围韩德勤部，与国民党谈判作为交换条件解除军部的压力。电报发出后，粟裕等人焦急地等待中共中央的回音。

第二天，陈毅在会上宣布：“中央已同意我们的意见，限十天内准备完毕，待命攻击。”

那时消息很多，中共中央以朱德、彭德怀、叶挺、项英等八路军、新四军将领之名发表通电抗议国民党的反共罪行：“我八路军新四军前受日军之‘扫荡’，后受国军之攻击，奉命移防者则遇聚歼，努力抗战者则被屠杀，是而可忍，孰不可忍！”坚决要求国民党中央“力解皖南大军之包围，开放（叶）挺等北上之道路，撤退华中之剿共军，平毁西北之封锁线，停止全国之屠杀，制止黑暗之反动，以挽危局，以全国命”。文化界著名人士邹韬奋为了表示对国民党的抗议，发表了向国民参政会的辞职电。在香港的宋庆龄、何香凝、柳亚子等，也致电蒋介石及国民党中央，要求“撤销剿共部署，解决联共方案；发展各种抗日实力，保障各种抗日党派”。

此时皖南电讯突然中断，军部下落不明，与会者无不万分焦急，焦急化为怒火。

这时刘少奇和陈毅分外冷静。

1月14日，毛泽东、朱德、王稼祥致电八路军、新四军各将领，宣布“中央决定在政治上军事上迅即准备作全面大反攻，救援新四军，粉碎反共高潮”，要求苏北、山东我军待命消灭韩德勤、沈鸿烈部，要求华北我军提前准备机动部队对付严重事变，同时向国民党提出了严重抗议。外敌未除，大规模内战一触即发。