从15日收到的情报得知，皖南军部及直属队9000余人，除傅秋涛、江渭清等同志率2000人突围外，其余大部分壮烈牺牲或被俘。叶挺军长在奉命与国民党谈判时被扣；副军长项英、副参谋长周子昆突围后惨遭叛徒杀害；军政治部主任袁国平突围时负重伤，含恨自尽。

消息传开，许多人听了失声痛哭，会场秩序几乎不能控制。

陈毅不停地大声喊：“冷静！要冷静！听候中央指示！”

刘少奇是中央代表，在他看来，日军入侵，大敌当前，国共两党理应枪口一致对外。鹬蚌相争，渔翁得利。一旦国共两党再度开战，自相残杀，只会给日本以可乘之机，加速中国的灭亡。再说不顾民族大义，同室操戈，制造皖南暴行的只是国民党内部的顽固派，与其跟国民党全面开战，还不如将国民党政府与国民党顽固派区分开来，以争取多数，孤立少数，避免统一战线的分裂。同时在政治上争取主动，开展大反击，争取民主党派、进步人士及全国人民的同情与支持，收聚民心民气。

他一面教育华中党和军队的干部要“沉着、坚定、勇敢”，“遵守党的纪律，等候中央命令”，不要提“打倒顽固派”的口号；一面向党中央指出现在军部已被消灭，交换条件不存在了，目前进攻沈、韩两部没有必要，提议“以在全国主要的实行政治上全面大反攻，但在军事上除个别地区外，以暂时不实行反攻为妥”。

从中共中央与新四军来往的电文可知，中央得到刘少奇电报后仍打算在军事上实行大反攻，但后来根据多方情报还是做出了调整，改政治上、军事上全面反攻为政治上全面反攻、军事上取守势的斗争策略，避免了国共两党更大规模的内战和全面分裂。

16日，华中总指挥部召开干部大会，刘少奇宣布：总指挥部已向党中央报告了目前华中工作的部署，准备在盐城以苏北指挥部为基础重建新四军新军部，由陈毅同志任代理军长。战略区成立师建制，下辖旅、团。新四军全军9万多人编为7个师。粟裕任第一师师长，下辖苏北指挥部所属部队，改纵队为旅，辖叶飞、王必成、陶勇三个旅。留在苏南的廖海涛部编为第六师，谭震林任师长。

17日，蒋介石在重庆发表通令和谈话：“……国民革命军新编第四军自上月以来，在江南地区集中全军，扰乱战局，阴谋不轨。本月自泾县向南移，竟于四日胆敢明目进攻我前方抗日军队阵地，危害民族，为敌作伥，丧心病狂莫此为甚。我前方被袭各部队，对此不测之叛变，若不忍痛还击，不仅前线各军之将士无心自卫，而且整个抗战之国策，亦被其破坏无余。瞻望前途，痛愤不已。为应付危急，伸张纲纪，不得不为紧急处置……新编第四军抗命叛变，劣迹昭彰，若不严行惩处，何以完成国民之使命，着新编第四军番号立即撤销，该军军长革职，交军法审判，依法惩处。”蒋介石的话在盐城除了激起正义者的愤怒之外别无用处。

刘少奇和陈毅将总指挥部陆续由文庙迁至盐城南郊的熊氏宗祠，开始代行军部职责，履行抗日的神圣使命。那时军部已得到李长江将要投降日军的情报，刘少奇和陈毅任命粟裕为总指挥，率军讨伐。

粟裕临走时，已升任代军长的陈毅亲自到他的住处送行。

苏北指挥部机关的干部绝大部分分配到新四军军部，分配到第一师机关干部只有包括粟裕在内的24人。有政治部主任钟期光，机要员楚青，作战科长吴肃，科内有毛瑞有、张宗仁、秦叔瑾；侦察科冯伯华，通讯科李景瑞，管理科有刘德胜、王家兴等人。

陈毅问粟裕：“怎么样，人太少了吧？”

粟裕爽朗地回答：“好男不吃分家饭嘛！军长放心，哪里有群众，哪里有敌人，哪里就有我们的发展。”

陈毅听了很高兴，连说：“好！好！”

当下粟裕离开盐城，返回东台。