就在清华国学院凤凰涅（般+木）之际，中央研究院史语所超度重生，转魂出世。1929年6月中旬，在傅斯年主持的所务会议上，正式决定全所分为历史、语言、考古三个组，通称一组、二组、三组。主持各组工作的分别是陈寅恪、赵元任、李济“三大主任”。后又增设第四组——人类学组，由留美的“海龟”吴定良博士担当主任。这一体制，直到史语所迁往台湾都未变更。

万事俱备，只欠东风，历史语言研究所就要大显身手了。当三个组的人员各就各位后，傅斯年以独特的学术眼光和非凡的识见，很快为第一组找到了内阁大库档案，指定了汉简与敦煌材料的研究范围；为第三组划定了安阳与洛阳的田野调查。二组的工作也相应地开展起来。

为了消除李济此前所担心“口号将止于口号”这一形式主义的疾痼，早在史语所正式成立之初，号称眼观六路，耳听八方的傅斯年就于1928年8月12日，指派时任中山大学副教授、史语所通信员董作宾悄悄赶往安阳小屯殷墟，对甲骨出土地进行调查并收集甲骨了。

董作宾到达安阳后，通过实地调查得知，小屯地下埋藏的有字甲骨，并不像满清遗老、著名古文字学者罗振玉等此前所说的那样已被挖尽，他从当地农民盗掘甲骨留下的坑痕作出判断，殷墟规模庞大，地下遗物十分丰富，且遗址破坏严重，有组织的科学发掘已到了刻不容缓的紧要关头。调查过后，董作宾向傅斯年写了书面报告，颇为焦虑地说：“迟之一日，即有一日之损失，是则由国家学术机关以科学方法发掘之，实为刻不容缓之图。”[2] 

得知此情，傅斯年惊喜交加，马上筹措经费，购置设备，调配人员，在蔡元培院长的大力支持下，组成了以董作宾为首的殷墟科学发掘团，其成员有李春昱、赵芝庭、王湘、张锡晋等专业人员和工作人员，另外还有一名董作宾的同乡同学，时任河南省教育厅秘书的郭宝钧。这次以寻找带字甲骨为主要目的有组织的殷墟发掘，自1928年10月7日开始，至31日结束，前后共进行了24天，发掘土坑40个，揭露面积280平方米，掘获石、蚌、龟、玉、铜、陶等器物近3000余件，获得甲骨854片，其中有字甲骨784片，另有人、猪、羊等骨架出土。董作宾作为本次发掘的主持人，手抄有字甲骨392片，并做了简单的考释，这个成果与他前期的调查报告共同在后来史语所创办的《安阳发掘报告》作为首篇文章刊载。如后来李济所言，此次发掘与著述的问世，“不仅结束了旧的古物爱好者‘圈椅研究的博古家时代’，更重要的是为有组织的发掘这著名的废墟铺平了道路。”[3]