正是由于两派水火不容的争斗，作为胡适的弟子且一生都追随胡氏的傅斯年，无论从感情上还是理性上，不可能让一个对立派的大将马衡到自己的地盘上一显身手——尽管马的人缘相当不错。1955年，时任中国科学院考古研究所副所长的夏鼐在《考古通讯》第三期发表了《批判考古学中的胡适派资产阶级思想》一文，文中列举了胡适的多条罪状，其中第四条说：“垄断材料，囤货居奇，这是反映了腐朽的资产阶级的恶劣作风。”第五条：“宗派林立，学阀称霸。胡适傅斯年辈学阀，是以研究机构和高等学校作为地盘的，成为一种排他性的宗派。像军阀一样，他们虽时常打算扩充地盘到别人的势力范围中去，但自己的地盘是决不容他人染指的。这种风气也传染到考古工作中去”。夏鼐说这话的时候，正是举国上下批判讨伐“美帝国主义走狗胡适”之时，尽管夏鼐处于中科院院长郭沫若等人的指示和压力，颇有点人在江湖身不由己的无奈，但纵观胡适与傅斯年一生的所作所为，也不能说夏鼐所言没有一点道理。在这样一种历史背景下，马衡不能进史语所主持殷墟发掘，也就不会令人感到意外了。

从当时的实际情况包括纯学术的角度论，马衡要跨进史语所的大门同样面临较大的障碍。在殷墟发掘前的1926年6月，日本东亚考古学会与北京大学国学门考古学会结盟，成立了一个东方考古学协会。但这一协会成立后，就学术路数与研究方向及发展前景等问题，双方的分歧越来越大，最后竟树倒猢狲散，不了了之。当时以三沈二马为骨干的北大国学门同人没有意识到，中日学者间的分歧终致北大考古学派的衰落与清华学派的崛起。据对这一协会作过专题研究的桑兵说：“中日双方在东方考古学协会内部的分歧，最终还是削弱了日本对中国考古学的影响力，与之关系最密切的北京大学考古学会，成就和影响反而不及清华研究院。日方重视北京大学国学门考古学会，原因之一，是后者（南按：当为前者）在北京的考古学机关中具有官学至尊的地位，被看重政府行为的日本学者认为是对华施加影响的有力支撑。与此相对，他们视美国系的清华国学研究院中的考古学机构为‘私学’的代表。清华研究院以人类学讲师李济担任主席，凭借较多的资金以及和美国考古学家的有效合作，清华研究院的考古学稳步发展，成效明显，后来成为中央研究院历史语言研究所考古组的台柱。该所成立时，主持北京大学研究所国学门考古学的马衡，曾主动提出想参加考古组，但遭到傅斯年的拒绝。在傅心目中，志同道合的理想人选是从事新兴考古学的李济而非金石学家马衡。”[16]