8月中旬，时任国民政府参政员、中央研究院史语所所长兼北京大学文科研究所副所长的傅斯年，在同北大、清华、南开等三所大学校长及学界名流反复商讨、权衡后，力主将北大、清华和南开等三校师生撤出平津,在相对安全的湖南长沙组建临时大学，这一决定得到了南京国民政府的同意。9月10日，国民政府教育部发出第16696号令,宣布由北大、清华、南开三校校长蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓等三人为长沙临时大学筹备委会常务委员,教育部代表杨振声为筹委会主任秘书（代表教育部常务次长周炳琳），筹委会成员每校委派一人，北大胡适，清华顾毓琇，南开何廉。此外还有中央研究院史语所所长兼北大文科研究所副所长傅斯年、湖南教育厅厅长朱经农、湖南大学校长皮宗石等，筹委会主席由教育部部长王世杰亲自担任。9月13日，筹备委员会召开了第一次会议，确定租赁地处长沙市韭菜园原美国教会创办的圣经书院作为临时校舍，明确院系设置、组织结构、经费分配等事宜。9月28日，开始启用国立长沙临时大学关防，校务由三校校长及主任秘书所组织的常务委员会负责。

在此之前，由教育部发出的撤退命令已在平津三校师生中用书信和电报秘密传达, 早已心力交瘁，翘首以盼的北大、清华、南开三校教职员工和学生们接到口头传达的通知后,纷纷设法夺路出城，尽快逃离沦于敌手的平津两地，辗转赶赴湖南长沙——中国现代历史上最为悲壮的一次文化知识分子大撤退开始了。由于这一决定是在时局激变的紧急情况下仓促做出,因而，此次撤退实际上是一次毫无组织和秩序可言的慌乱大逃亡。