此时的孔祥熙已不再是当年那个翩翩少年了。自美归国后，他借天时、地利、人和等三种大势，在仕途上平步青云，已身居南京国民政府工商部部长要职。当孔氏与满脸皱纹的麦美德相会后，突然从记忆深处唤醒了自己美好的回忆，可谓别有一番滋味在心头。当麦美德提出自己赴京的使命时，孔氏真诚地满口答应。于是，在孔祥熙的直接过问下，1931年12月，南京国民政府教育部批转山东省教育厅呈文，准予齐鲁大学立案，承认其正式的合法地位。功绩赫赫的孔祥熙就这样担任了该校的名誉校长。

“立案”后的齐鲁大学，算是获得了新的生命。校方抖起精神，以雄厚的美金作后盾，广泛扩充校舍规模，聘请儒林名流前来任教，入校学生骤然增多，各系、科和课程设置日臻完备。与此同时，还仿效国内几所著名大学，成立了以弘扬、研究中国民族文化为主旨的国学研究所，开设钟鼎文、文字学、音韵学、古代文选、美学、考古等课程。为了与国内其它几所著名大学的国学研究院（所）抗衡，齐鲁大学专门把曾在河南安阳传教多年的加拿大籍牧师明义士（James Mellon Menzies）调到齐大任教授，让其在国学研究所从事研究，开讲考古学课程。明义士号称是博学多闻的“中国通”，对中国文化有着痴迷的情结和强烈的占有欲望。他在安阳传教期间，借中国时局动荡不安的时机，混水摸鱼，常骑一匹老白马往来于洹水岸边，在传经布道的幌子下，大量搜求中国古代文物，仅收购、收藏殷墟甲骨就达5万多片，这些古物大部分被偷运出境，入藏加拿大多伦多皇家博物馆专为其开设的“明氏收藏专室”。来不及运走的文物，一部分折价卖于齐鲁大学国学研究所。抗战军兴，明义士把一部分甲骨偷偷深埋入齐大的住宅底下，秘而不宣。直到抗战结束，经过几番周折，这批宝物才重见天日。

1945年8月，日本投降，齐大师生陆续返校，经过整修，学校于当年10月1日正式在济南复校。1947年上半学期的在校学生为442名，其中文学院105名、理学院123名、医学院203名、医事检验技术专修科11名，教职员工70人。1948年济南解放前夕，在部分师生的操纵下，齐大曾将部分人员和教学物资南迁，医学院被迁往福州。济南解放后1951年齐大被人民政府接管。1952年9月，随着全国院校调整，齐鲁大学被解体撤销——神学院和国学研究所撤销，文理学院所属系科划归青岛山东大学（今山东大学）、南京大学和山东师范学院（今山东师范大学），农业专科划归山东农学院（今山东农业大学），保留其医学院更名为山东医学院，校址由山医接收，今为山东大学西校区。声名显赫，盛极一时的齐鲁大学仅存在了短短的48个春秋便宣告寿终正寝，校园的师生如打散的群鸟，各奔东西，身后留下了一幢幢典雅、古朴、大方，充满了异国风情的校舍建筑供后人凭吊。