拳匪之乱兴起后，当时的山西巡抚毓贤，大力唆使清兵和拳民在各地焚烧教堂杀戮教徒。孔祥熙于归晋途中，在寿阳、太原看到了义和团烧杀抢掠的惨烈场面，于是急急赶回太谷，去营救早年曾给他治过病的教会医生高斯与保送他进入教会学堂的魏禄义等洋人。此时，耸立在太谷县城的基督教堂早已被拳匪乱民捣烂焚毁，所有在太谷的外籍传教士均被捉拿关押在教堂三间破烂的偏房内。孔祥熙回到家中，经过一番密谋，暗中买通看守洋人的乡民，两次看望了包括魏禄义、高斯在内的9名外国传教士及部分教民，嘱咐他们做好逃跑的准备，并给予部分逃亡旅费。在孔祥熙的重金贿赂下，看守的拳匪暗中帮助其中3位洋人越狱逃走。孔氏的行动尽管诡秘迅捷，仍被义和团的拳匪侦知，这帮无知无畏且神经兮兮的乌合之众大怒，立即网罗一帮乱匪贼子与地痞流氓、外加一批无业游民四处搜捕，声言如抓到孔祥熙立即处死，有知情不报或故意隐匿者一经查出，格杀勿论。

面对日趋严峻的局势，孔祥熙不敢在太谷停留，依靠族人和乡亲的掩护，在一个月黑风高之夜逃离险境。被困在太谷教堂内的美国传教士和中国教民共14人，则在半月后均被杀害。待列强震怒，派大兵登陆中国清剿义和团后，孔祥熙回到太谷，找太谷知县料理了被害传教士和教徒的后事。稍后，他与同学张振福赴京向华北公理会汇报了太谷教案的情况，并作为华北教会派赴山西教案善后谈判代表叶守贞和文阿德的助手，赴晋谈判。太谷教案办理完毕，华北公理会对孔“一心事主”的品质和处事干练的才能十分赏识，决定推荐其到美国欧伯林大学学习。未久，经孔祥熙的引路人、潞河书院麦美德教士的奔波努力，该院教务会会议通过，由该校出资送孔氏赴美。

1901年秋，孔祥熙在麦美德亲自护送下赴美，入俄亥俄州欧伯林大学，先攻读理化专业，后改修社会科学。在美期间，孔祥熙用自己的生花妙笔，将此前那段惊心动魄的传奇经历广泛刊布于北美及欧州大陆报刊，使这位“中国青年英雄”的壮举广为人知。1905年，孔祥熙考入耶鲁大学研究院研习矿物学。1907年，于耶鲁大学毕业，并获得理化硕士学位。归国后的孔祥熙踌躇满志，自称未来的理想和抱负是：“提倡教育，振兴实业。”

庚子之乱30年后的1930年，直隶州潞河书院的美女麦美德，在传经送宝的生涯中，辗转来到了山东济南，担任齐鲁大学女生部主任。当这位已不再年轻的麦美德对齐鲁大学的洋教授们叙述30年前的拳匪之乱与山西太谷的往事，并深情地回忆着她心目中的“青年英雄”孔祥熙时，敏感的校方领导人立即意识到埋藏在这个故事背后的玄机，认为齐鲁大学苦苦寻求而不得的备案的机会终于到来了，当即委派麦美德亲赴南京拜见孔祥熙。