史语所南迁后，胡福林追随董作宾整理殷墟出土的全部甲骨，兼做《殷墟文字甲编》的释文事宜。据史语所研究人员石璋如回忆：“先前在南京急着将一到九次发掘的甲骨出版《殷墟文字甲编》，所以YH127坑甲骨就只放到架子上，后来装箱都没有再动过。”到了1940年的8月，尽管史语所同人感到“离搬家还有段时间，也不知道搬家地点，不妨趁机开箱编号。三组同仁都可以帮忙开箱，编号就落到胡厚宣、高去寻两位先生身上……胡厚宣与高去寻一人写号码，一个纪录，若有可以合块的碎片，也许有两个编号，便趁机重组。董先生就描写重要的东西，进行分类……工作从早忙到晚，吃了晚饭之后继续加班到十点。” [2]就在这项紧张而繁杂的工作行程中，胡福林悄然告辞了。

这年8月23日，住在昆明郊区龙头村的史语所助理员胡福林向傅斯年请假，说是有位叫许心武的好朋友，在重庆北碚替自己的妻子找到了一份工作，因昆明至重庆道路艰难，匪盗众多，需亲自护送家眷赴渝，并说一个月后立即回昆明销假，需预支九、十两个月的薪金以作旅费。傅斯年听罢，感到自己手下弟兄生活艰难，其家眷能在重庆找份工作自是一件好事，但考虑到史语所马上就要搬家，劝对方不要此时离开，最好入川后再作打算。若从新的搬迁之地——四川南溪李庄码头坐船，沿长江顺流而下可直达重庆，比从昆明赴渝要方便、容易得多。想不到胡福林却不以为然，执意要走。傅斯年再三踌躇，最后一咬牙答应下来，嘱对方快去快回，不要误了所内搬家事宜，胡氏点头答应，此事算告一段落。