当傅斯年来到考古组主任李济住处，把胡福林请假赴渝之事讲过后，李济表示坚决反对，认为全所搬迁在即，许多器物需要整理装箱，且人手又少，若胡此时离开，对史语所的工作极其不利。李济的观点与傅斯年原本相同，如果胡福林非要离开，待把家迁到李庄安静下来后再作行动，这样与公与私都说得过去。本来就有些不情愿的傅斯年经此一说，颇有悔意，遂立即找到正在整理器物的史语所考古组助理研究员石璋如，让他赶快找到胡福林并转达傅、李二人的意见，希望对方暂且留下，待搬到四川后再行赴渝。石璋如得令，急忙跑到胡氏的宿舍与史语所驻地可能匿身的地点搜寻，想不到寻了半日也不见胡福林的踪影，后经多方打听才得知胡氏已悄然离开昆明了。而胡离滇竟与顾颉刚和钱穆二人暗中操纵有关。

胡福林在北京大学史学系就读的时候，具体的说是1931年下半年，时任燕京大学专职教授的顾颉刚受聘为北大历史系兼课讲师，每个星期讲几点钟的课。作为学生的胡福林处于对顾氏学问的崇拜，暗中与顾颉刚建立了亲密的师生关系，想不到这一关系竟为几年之后胡在昆明出走埋下了伏笔。

就当时整个中研院史语所而言，可谓大师如林，将星云集，一个小小的助理员要休一个月的假，本不足挂齿。而此事的非同寻常之处就在于，当石璋如奉命搜寻胡福林的踪迹时，突然发现胡氏的一切书籍文件、生活用品等器物，随着胡氏的消失也一道无影无踪了。石璋如大感跷蹊，觉得其中有诈，立即向傅斯年和李济汇报了这一可疑情况。傅、李二人一听，亦觉不可思议，遂带着疑问与不解展开调查。待初步调查结果一出，傅斯年大为震怒，暴跳如雷，认为胡福林把自己当猴耍了，当场对胡氏以及齐鲁大学连同顾颉刚、钱穆等人骂将起来，同时立即修书一封对已迁往成都的齐鲁大学展开笔伐。其书云：

本所职员胡福林君请假离所一日后，本所即得到若干口头报告，谓，贵校之国学研究所一年前即已聘定正在本所任职之胡福林君为教授，资以薪给。其本年之职务则为：（一）在云南为贵校购买书籍。（二）在本所抄录影拓一切本所正在研究尚未出版之材料，以备将来贵校国学研究所之用等语。事涉离奇，殊难置信……据负责人报告，近一年来，该员将本所所藏重要史料誊录甚多。本所之正式工作（资料），该员亦全数携走，其目的为何？实难揣测……。[3]