第一执政波拿巴宣布，雾月十八的政变给法国大革命画上了一个完美的句号。不过，前来杜伊勒里宫的客人们可能并不这么认为，这座路易十六和玛丽·安托瓦内特住过的皇宫在1800年2月成了拿破仑的官邸。提起杜伊勒里宫前任的主人，拿破仑总是表现出不屑一顾的鄙视，他的贴身仆人本杰明·康斯坦还说过：住进来算不了什么，住下去才叫艺术。很多人毫不怀疑拿破仑拥有征服他人的高超艺术，佩蒙夫人在雾月十九就说过：“他是一条魔鬼般的凶残大鱼，会毫不留情地吞没其他执政官。”而波利娜则一如既往地为她的哥哥感到骄傲，也一如既往地表现出对约瑟芬的敌意。

现在，丈夫成了第一执政，约瑟芬·波拿巴的处境就有点尴尬了。作为一国之主的配偶，她目前还没有一个官方的身份，在某种程度上，她其实宁愿保持这样的状态。拿破仑让建筑设计师方丹对雾月政变的发生地圣克卢堡进行改造，使之成为他的皇宫。但约瑟芬不愿离开梅尔梅森城堡，在这座位于巴黎西部吕埃尔的小小的乡间别墅里，约瑟芬忙于照料她的园艺和温室，忙于抚养她的女儿奥坦丝，她并不常常出现于所谓的执政社交圈里。尽管如此，她和奥坦丝还是出现在1800年10月罗拉·佩蒙和安多奇·朱诺将军婚礼之后的舞会上，这位新郎如今是巴黎的指挥官，当年拿破仑曾经拒绝了他向波利娜的求婚。

后来，在她的回忆录中，成了公爵夫人的罗拉·朱诺并没有透露有关波利娜着装的任何细节，当时，波拿巴家族的大多数成员都在场，不过，她描述道，勒克莱尔夫人“还是那么迷人，那么优雅”，直到调皮刻薄的波利娜开始对嫂子评头论足。那天，约瑟芬的裙装上点缀着罂粟花和金色的麦穗，头上还戴了一个花冠相呼应。“哇，”二十岁的波利娜说，“我不敢相信四十岁的人头上还戴着花。”（约瑟芬当时是三十七岁。）深感窘迫的罗拉提醒她，她的母亲佩蒙夫人也用水仙花来装点头巾和衣饰。从波利娜的表情上可看出，她对罗拉出面打圆场感到非常吃惊，“那是很不一样的，”她断言道，“完全是两码事。”

身为第一执政，拿破仑并不经常现身于执政社交圈，现身于那些标志着上流社会的舞会和欢宴。他的手头有很多事要处理，新的宪法要制定，中央集权的行政体制、法兰西央行和法律体系都需要建立，还有那部拿破仑法典也有待落实。与此同时，天主教会和国家政权之间的长期和平共处的方案也在启动，1801年，这一意向被正式写进了政教合约。但有些东西始终未变，政府和军队的官员们继续被指派到驻地和任上，拿破仑的家族成员都跟着沾了光。吕西安出任内务大臣，卡罗琳的丈夫缪拉被封为执政卫队司令，而时年二十二岁的路易成了骑兵旅的指挥，连十六岁的热罗姆也辍了学，成为一位海军中尉。此时的波利娜，守在巴黎，等待来自她丈夫的好消息，自1799年12月5日起，勒克莱尔就被派遣到由莫罗总指挥的莱茵军团，担任第二分部的指挥官。

盟军趁着拿破仑离开埃及之际，展开了更猛烈而深入的进攻，拉开了第二次反法同盟的序幕。1800年6月，勒克莱尔接到命令，带领分队攻占巴伐利亚的兰茨胡特，当时这个地方是弗迪南德大公的领地。那时候，奥地利军队总共大约有十二万将士，在保罗·科瑞将军的指挥下，部署在阿尔卑斯山以南的黑森林里，抵挡着法军对莱茵河及多瑙河流域至维也纳一带的进攻。虽然这座伊萨尔河畔的小镇看似牢不可破，但同样牢不可破的还有勒克莱尔的战斗意志，在他的打击下，对方溃不成军，落荒而逃，丢下了四百战死的士兵和六百俘虏。

战绩虽然骄人，但是勒克莱尔也付出了代价，他的腿受了伤，不得不退居后方，因而没能继续亲自指挥在莱茵河流域开展的战事。1800年12月，莫罗率领的莱茵军团大战霍恩林登，获得了最终的胜利，但莱茵军团胜利的光芒却被威风凛凛的拿破仑预备军遮蔽了。