布什反对任何美军在阿富汗进行大规模地面战的计划，而是决定由阿富汗士兵在地面战中充当主力，美国情报部门、特种部队以及空军予以支持。在这种情况下，就要求情报供给和作战部署之间的配合高度默契，而且由谁指挥作战也成为一个难题。

对阿作战计划制订工作逐步向前推进。几天后，因指挥人选空缺问题而不厌其烦，于是布什直截了当地问：“谁去指挥作战？”这个时候出现了令人不快的一幕。中情局局长乔治·特尼特的副手约翰·麦克劳克林那天代替特尼特出席会议。麦克劳克林提名拉姆斯菲尔德，拉姆斯菲尔德却提名麦克劳克林。于是，布什对我说：“把这事搞定！”布什有些生硬地结束了那次会议，我只好让各位首脑先留下来不要离开。其实我也没必要说太多，拉姆斯菲尔德和中情局的人也都明白。他们想出了一套灵活的安排办法，出兵阿富汗之后，还是由五角大楼主要负责此次行动。

多处迹象表明，自冷战时期延续至今的美国国家安全体系已经无法完全适应我们现在所面临的这类新型战争，上述情况就是如此。这尴尬的一幕过后，为着自身利益着想，特尼特和拉姆斯菲尔德只好共同努力解决这个问题，尽管军事机构和情报部门之间从不曾出现天衣无缝的配合，但也越来越有成效。2011年，在这两个部门的通力协作下，我们成功地掌握了本·拉登的行踪并将其击毙，此一役堪称这两个部门在合作下取得的最大成绩。这两个部门是在我们打响阿富汗战争之前各部门进行初期准备工作时，才开始合作的。

早年，只有出于私人交情或者在双方高层领导和白宫的逐日监督下，情报部门和军事机构才可能合作。在执行一项新任务初期，若要这两个机构合作，往往就得采取这样的办法。事实上，1947年《国家安全法》授权成立的组织部门虽受到广泛赞誉，一开始却都只是临时编制，其中就有国家安全委员会和中情局，他们的前身是战争委员会和战略情报局，都是由富兰克林·D. 罗斯福在二战时为提高战时计划性创立而成的。

尽管面临新的挑战，但总体来说国安会的运转情况良好。鲍威尔与拉姆斯菲尔德配合默契，国务院十分愿意且有能力为支持军事行动而进行外交斡旋。现在最重要的任务就是说服中亚地区各位固执的领导人，特别是乌兹别克斯坦总统伊斯拉姆·卡尔莫夫，从而可以在阿富汗及其周遭国家驻军。经过多次“讨价还价之后”，双方终于各取所需，我们取得了驻军权，而卡尔莫夫也因为他的“慷慨支持”而得到了美方一揽子丰厚的经济援助项目。

俄罗斯始终表示将对我们与乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦和吉尔吉斯斯坦之间的合作“开绿灯”。毫无疑问，俄罗斯支持美国在该地区“暂时”驻军，打消了有关方面的疑虑，中亚各国的领导人因此不必担心莫斯科对此问题将做何反应。

后来，美国和中亚诸国之间的这种合作所引发的连锁反应让我们和克里姆林宫闹得不可开交，这一点颇具讽刺意味。多年来，美国在该地区的驻军日益发展壮大，需要在乌兹别克斯坦和吉尔吉斯斯坦建立规模更大、驻扎期更久的军事基地，于是莫斯科就开始小心戒备。2003年，“颜色革命”开始席卷前苏联加盟国，腐败官员被赶下了台，格鲁吉亚、乌克兰和吉尔吉斯斯坦通过民主选举选出了领导人，而这些领导人都是西方世界的支持者。很明显，普京悔不当初，他闭口不提“合作”二字，而认定野心勃勃的美国试图对俄罗斯形成“合围之势”。