政变发生当日，普京在外地度假，他马上赶回圣彼得堡，思考应对之策。就在这最为关键的时刻，普京长期在克格勃工作的经历帮了索布恰克的大忙。克格勃内部的老关系很快就向普京通报了即将抓捕索布恰克的消息。普京不顾当时情况复杂，坚持到圣彼得堡机场迎接索布恰克。第二天，在普京的亲自指挥下，经过精心挑选的圣彼得堡的武装警卫人员在索布恰克乘坐的民航飞机刚刚在地面停稳时，便已迅速将汽车直接开到飞机舷梯下，在克格勃人员赶来之前将索布恰克接出了机场，并对他进行了严密的武装保护。

那几天，虽然人们看不见普京的影子，但在索布恰克同圣彼得堡国家安全委员会和圣彼得堡军区领导人谈判时，普京却起了极为重要的作用。普京彻夜奔走在圣彼得堡克格勃和军区之间，和有关各方面展开了紧急磋商和协调。正是由于索布恰克和普京等人做工作，当地驻军才没有执行“紧急状态委员会”的命令，保持了中立，使“紧急状态委员会”试图夺取圣彼得堡政权的行动计划以破产而告终。圣彼得堡市在1991年“8·19”政变中一直持反对政变的立场。

普京在这次政变的紧要关头，于8月20日辞去了克格勃职务（按照克格勃的规则，克格勃基干人员是永远不得离职的，只能转为“担任现职的预备役基干人员”）。普京回忆起这段经历时百感交集，他在自传中写道：

当时，我几乎被迫作出决定：或者离开列宁格勒苏维埃，不受讹诈；或者留在那里，但是，必须彻底地开始新生活，这就意味着要告别“克格勃”。也就是说，我面临着两种相互对立的选择。考虑到当时安全机构本身处于悬而未决的状态，许多事情完全不明朗（作为一个组织它是否会继续存在下去，如果继续存在的话，那又是什么样的形式），所以我开始倾向于离开“克格勃”。而就在这时，政变开始了。 

如果我不执行命令，就将违背誓言。如果我执行命令，就会违背道德责任，而这些责任是我来列宁格勒苏维埃工作时承担的，当然是自愿的。在这一时刻，我的出发点仅仅是：道德的责任高于形式的责任。最终，这一点加上其他一些因素使我作出了离开安全机构的决定。