尽管政变的混乱局面很快得到了控制，但在政党和国家领导层中，不同的政治立场却让苏联政局暗波汹涌。俄罗斯的最高苏维埃成员大部分是苏共党员，他们对叶利钦的政策已经越来越不满。军人出身的副总统鲁茨科伊也转而反对叶利钦大权独揽，并和车臣最高苏维埃主席斯兰·哈斯布拉托夫结成了统一战线，对叶利钦构成了巨大的威胁。

双方在俄罗斯应该建立怎样的政体这个关键问题上发生了尖锐的对立。叶利钦主张建立总统制共和国，哈斯布拉托夫主张建立议会制共和国。

1993年9月21日，俄联邦总统叶利钦宣布解散人代会和最高苏维埃，并决定在当年年底举行新的立法机构——联邦议会的选举。而人代会则针锋相对，不仅通过了弹劾总统的决议，而且还占据了白宫。

眼看事态没有和平解决的希望，叶利钦决心通过武力迫使议会向其低头。

10月3日叶利钦宣布莫斯科进入紧急状态，并调遣军队进入莫斯科。４日凌晨，俄联邦军队开始向议会所在地白宫发起炮轰，以特种兵部队打头，强行攻占议会大楼白宫，大批白宫武装守卫者伤亡，哈斯布拉托夫、鲁茨科伊沦为俘虏。这就是俄罗斯当代史上著名的“炮打白宫”事件。

而在处理这一事件过程中，普京又与索布恰克坚定地站在了一起，继续支持叶利钦的决定，而且成功地控制住了圣彼得堡的秩序。

在经历了上述两场生与死的考验后，普京的忠诚让索布恰克深受感动，普京的沉着镇定和处变不惊的能力让他对普京更为器重。他坚定地认为普京是自己人。他甚至公开表示，普京是绝对可以信赖的人。

1992年，普京出任主管对外经济联系的副市长，负责管理外国代表机构、旅馆、赌场、社会团体以及强力部门，同时还负责大型投资项目。1994年3月，索布恰克将普京提升为圣彼得堡市第一副市长并兼任对外联络委员会主席。这时，普京对索布恰克的影响已相当深。无论是在任市政府对外联络委员会主席期间，还是在副市长的工作岗位上，普京都取得了突出的工作成绩。尤其是圣彼得堡市的经济工作在他的领导下得到了很大的发展。

在他的直接领导下，圣彼得堡市迅速建立起了外汇市场，并成功地与其他许多国外银行和大企业签署了引进外资、合资、合作建厂的协议书。特别是在国外工作期间结识的老朋友帮助下，使得包括德累斯顿银行在内的许多的德国知名大公司、大企业源源不断地进入圣彼得堡，设立办事处或分支机构。

联邦副总理丘拜斯在领导实施私有化改革时，多次和负责圣彼得堡经济的普京打交道。丘拜斯后来回忆说，普京虽然不是学经济的，但是对复杂的经济问题领悟得很快。

普京的政绩也引来反对派的攻击，他们以普京为克格勃工作过为由，企图将他从索布恰克身边赶走。但索布恰克公开批驳了这些要求，他说：“首先，普京不是‘克格勃的人’，他是我的学生。其次，普京曾从事对外情报工作，是在保卫国家利益。他没有什么可为自己的工作感到羞愧的。”可以说，索布恰克的这些告白完全发自内心，对普京的心理帮助很大，同时更加激发了他对工作的热情和对索布恰克的忠心。