普京因不愿意为新市长工作而经历了一次短暂的失业。为了一家人的生计，普京不得不准备外出找点事做。

机会总是留给有准备的人。1996年8月，机会再次降临到普京身上。这一天，普京拿着机票、准备上飞机，到外地寻找旧友弄点养家糊口的小生意。这时候，电话铃突然响了，是鲍尔萨科夫——先前在圣彼得堡市一起共事的副市长给他打来的电话。“听着，弗拉基米尔，你愿意来莫斯科吗？”他问道，“明天，我要见一位十分重要的领导，找点事干干，你有兴趣吗？”听口气，一度流浪莫斯科街头的前圣彼得堡市副市长鲍尔萨科夫似乎非常兴奋。

那时，鲍尔萨科夫已经担任了副总理。这样，普京应鲍尔萨科夫之邀前往莫斯科，起初任总统事务局副局长，负责法律处和俄罗斯境外财产及政府外贸事务。1997年3月，普京调任总统办公厅副主任兼监察局局长。办公厅和总务局当然完全不同。总务局管的是物，是房子和与房子有关的事务，办公厅却是为总统服务的。至此，普京才开始进入叶利钦的视线。

1998年5月，普京担任总统办公厅第一副主任，开始受到叶利钦的器重。在这里，普京和叶利钦的“家庭”开始建立关系（叶利钦在回忆录《午夜日记》里，将身边的波雷耶娃、丘拜斯、沃洛申、尤马舍夫等人，列为自己的“家庭”成员）。同年7月，普京被任命为联邦安全总局局长。俄罗斯联邦安全局由联邦安全局和对外情报局组成。从某种意义上来说，这两个机构都是克格勃的继承者，不过已然脱胎换骨，是个极为重要的机构。当时普京的军衔只是预备役中校，本来，叶利钦打算提升普京为将军，但是普京没有接受，他知道，由一个中校提升为将军，即使是少将，也并不合适。他也知道，以一个预备役中校而主管联邦安全局，会使很多人不服气，但他不在乎。上任那一天，普京来到俄罗斯联邦安全局总部大楼，也就是过去的克格勃总部大楼，他的第一句话是：“我回家了。” 

果然，安全总局工作人员对此任命极为不满。但这些人很快发现，普京是个精通业务、善于管理的领导。在任期间，他对安全总局机关进行了大改组，将中央机关从6 000人精简到4 000人，同时加强了该机构在俄罗斯各地的力量。

1998年9月，普里马科夫出任总理后，左派几员大将进入政府，成为核心人物。普里马科夫本人也对左派有好感，试图在政府工作中寻求左派控制的议会的支持，采取实际措施， 提高人民生活水平，遏制经济下滑。一时间，其声望大增，叶利钦的权力受到严重挑战。

同时，叶利钦面临国家杜马议员的弹劾，他们对叶利钦提出了五项指控（瓦解苏联、炮打白宫、车臣战争、搞垮军队和军工企业、对俄罗斯人民实行种族灭绝），并提交杜马理事会审议。加上俄罗斯社会经济形势继续恶化等诸多原因，国内“倒叶运动”愈演愈烈。而这时候，普京没有离开大势已去的叶利钦，再一次显示出了对上司的忠诚。