1966年，由大陆掀起的“文革”风暴漫延到香港，一些“另类”分子闻风而动，开始按照大陆的模式打砸抢烧，制造动乱。作为被毛泽东在《丢掉幻想，准备斗争》雄文中点名痛斥过的“胡适、傅斯年、钱穆”之流的钱穆，自然受到冲击。在危难之际，猫在台北静观事态发展的蒋介石伸出了援手，邀请钱氏夫妇赴台安居并从事力所能及的学术工作。1967年10月，钱、胡夫妇以归国学人的身份自港赴台。蒋介石令蒋经国拜钱穆为师，学习治国之学。

钱氏夫妇抵台后暂住台北“自由之家”，不久租居于台北金山街，并着手准备在台北自建住房。为此，胡美琦抛掉了香港汇丰银行的股票作为建房之款。经过踏勘，最终选定在翠林幽谷的外双溪建楼，并由胡美琦亲自设计绘制了图纸。想不到此事被蒋经国得知，小蒋立即来到钱家拍着胸脯说：“这区区小事，老师不必费心，由我来办好了。”遂从胡美琦手中要过图纸，交给阳明山管理局有关人员办理。未久，在外双溪一座小楼拔地而起，这便是著名的素书楼。同年，钱穆膺选“中研院”院士。爱情、事业、名声等等，凡人生所追求者，钱氏皆有所得，这是其一生的颠峰时刻。

悠忽二十年过去，蒋氏夫子先后驾鹤西去，钱穆的素书楼起了风波。

1989年，时任台北市议员的周伯伦，指称时任“总统府资政”的钱穆“非不占用市产”。因为素书楼是当年蒋经国委托阳明山管理局所建，产权当属台北市政府。如今两蒋的“威权时代”已经过去，钱氏就能再依仗国民党的权势“非法霸占公共财产“，必须迁出素书楼，还历史和台湾人民一个公道。

当此之时，一个叫陈水扁的“立法委员”闻听，立即呈猴状于花果山上蹦起来大造舆论，以书面质询方式强烈要求台北市政府收回素书楼，并对国民党领袖的新任“总统”李登辉装憨撸人、保持沉默表示强烈不满。在一片吵闹声中，也有人站出来指责阿扁这只弥猴不仁不义，谓素书楼是当年蒋氏夫子的特意安排，说“非法”还沾边，但说“霸占”根本谈不到。又经过几番吵闹，陈水扁重新调整战略战术，决定以奇制胜，于是弄出了一个臊招：钱穆搬出后，可把素书楼改为“钱穆纪念馆”。

钱穆闻听，愤然叹道：“我活着不让我住，我还没有死就建纪念馆，这是那家的逻辑？”

最终，在陈水扁等人的围攻夹击叫骂下，时年95岁、双目失明的钱穆，被迫于1990年6月1日迁出居住了27年的素书楼，在台北市杭州路辟屋居住。

1990年8月30日，心情郁闷的钱穆于一个风雨交加的黎明病逝于新辟的寓所。

根据钱氏的遗愿，1991年1月，未亡人胡美琦把其夫的骨灰葬于无锡太湖之滨的石皮山，算是落叶归根，魂归故土。