江州，“城头变幻大王旗”。

卢循和慧远谈得相当投机。卢循是慧远老同学卢嘏的儿子，长得很像他父亲，仪表堂堂。《晋书》说“双眸炯澈，瞳子四转，善草隶弈棋之艺”。卢循是上个月占据江州的，他和姐夫孙恩一起举事，都信五斗米道。孙恩死后，共推他主事。

卢循的身份，叫农民起义也行，叫造反闹事也可。没有举事前，来过庐山。来时还带来了粽子，用五彩丝线缠着，里面是用蜜渍的益智仁。慧远见了后就说，“君虽体涉风素，而志存不轨”。有这种告诫，但卢循还是举事了。

不知道两个人都谈了什么，但“欢然道旧，朝夕相谈”，大概要问到卢嘏的身体（卢嘏是卢循兵败后一同被杀的），也许会很隐晦地问到举事的结果。因为举事是秘密的。

卢循举事后，大概两人还有交往。有僧人不愿意了，就说：“循为国寇，与之交厚，得不疑乎？”（《高僧传》）

慧远面色沉稳：我佛法中情无取舍，岂不为识者所察？此不足惧。意思是佛法中对待有情是无取无舍的，难道不为有识之士所觉察到吗？因此，就不用惧怕与谁交往了。

后来宋武帝刘裕追讨卢循，驻扎在柴桑。部下打小报告：慧远在庐山，和卢循交往很深厚。

刘裕则说：远公为世上楷模的人，肯定不会。而且他还派遣使者驰书致敬大师，并赠送钱米。看来刘裕不是个小心眼的人。

404年，桓玄兵败被杀，东晋安帝从江陵回京师建康之际，镇南将军何无忌上山来，劝慧远在安帝途经庐山时，下山觐见皇帝，但慧远借口生病而婉拒。何无忌喜欢疾言厉色，却也没有办法。