陈文帝天嘉元年，即560年，智顗22岁，游学到光州（今河南光山）的大苏山，拜慧思为师。慧思有点来头，也是禅观大师。智顗后来受慧思的思想影响很大。天台宗尊智顗为四祖，慧思为三祖（二祖为慧思的师父慧文，始祖为印度的龙树。这样排列，也是表明本派继承有序）。

慧思是武津（今河南上蔡县东）人，头上有肉鬃（据说有肉鬃者，不是凡僧）。15岁出家，喜欢幽静，从慧文为师。受具足戒后，生活简朴，持戒精严，只穿棉布衣，不着丝绸衫。冬天酷冷，他就添加艾叶御寒。一天只吃一顿饭，以诵《法华经》为第一要务。

慧思还是个深受中国道教和神仙家思想影响的人。他在《立誓愿文》中曾表示“愿诸贤圣佐助我，得好芝草及神丹”，甚至“誓愿入山学神仙，得长命力求佛道”。

据说他曾多次遭人陷害，险些丧失性命，但最终都能神奇地化险为夷。有一次，诸恶比丘以毒药令他食，食后“举身烂坏，五脏亦烂”，可他仍活了下来。又有一次，有恶论师“以生金药置饮食中，令慧思食”，吃剩下来的残余被另外三人吃下，“一日即死”，而慧思却由于在“气命垂尽”之时念诵佛经不已，竟又奇迹般地活了下来。我们或许难以想象当时的佛教内部竟如此险恶。不过，其实只要有人的地方都一样，宗教也不例外。

当时他住在河南登封少室山的嵩阳寺。可能是内部外部环境都不好，就想到南方去。有学者研究，以为和两武法难有关。历史上有著名的“三武灭佛”，指的是北魏太武帝灭佛、北周武帝灭佛、唐武宗灭佛。说灭佛有些严重了。这是个复杂的话题，也是佛教进入中国遭受的三次最大打击。

北魏太武帝信道教，要用武力统一北方，但沙门历来不服徭役和兵役。他就下令凡十五岁以上沙门都要还俗。444年，下令一律不准私养沙门。也是事有凑巧，在造他反的事件中，有寺庙藏有兵器。这使太武帝十分震怒，就令诛杀全寺僧众。后又下诏：诛戮长安的沙门，焚毁天下一切经像。后因太子劝谏，诏令缓宣，使得长安沙门逃逸。