他的压力很重，健康不佳，使他开始产生“要么卸掉一些重负，要么干脆放弃捐赠”的想法。

但就在这时，机缘巧合之下使他作出了有关他的公益事业的一个无比重要的决定：聘用一位38岁的年轻人弗雷德里克·盖茨（Frederick Gates）担任他的助手。盖茨当时是美国浸礼会教育协会的主任，而且他刚刚完成了对全国浸礼会学院落后状况的调查研究（其中有些学校洛克菲勒曾经给过少量资助）。盖茨的结论是：高等教育领域所需要的，是一个按高标准设立的优质的新教育机构。它不应设在东部，而要设在中西部，那里正在形成新的贸易和工业中心。洛克菲勒对盖茨的报告和他本人都很感兴趣，后来给了总数4000万美元的捐款，来建立一所新型的学府——芝加哥大学。

洛克菲勒对最初一系列罕见的大笔捐赠的决策过程，就体现了他以后慈善行为的特征：对每个想法进行严格的企业式的评估，保证有良好的组织领导，在采取行动之前反复考量等。他的另一个特点是常会被一些宏大的、令人振奋的设想所吸引。他帮助创建了大西洋岸以西第一所出类拔萃的大学和师资队伍（当时在美国，这样的大学只有哈佛大学和约翰·霍普金斯大学两所）。这所教学与科研并重的新型超级大学的建成，表明如果洛克菲勒对某个项目有信心，就会作出重要的财政承诺。

此后，洛克菲勒对盖茨的信赖越来越深，他们两人在一起形成了美国公益事业中前所未有的最强大和富有创造性的力量。这一对伙伴很不寻常，从他们的关系中可以深入地理解洛克菲勒作为一个慈善家的特殊品质。

洛克菲勒是一个含蓄的、沉默寡言的人，他抑制感情几乎到了禁欲的程度。他从不高声说话和情绪外露，遇事总是三思而行。盖茨则相反，他热情洋溢，善于言辞，勇于畅想——一半像传教士，一半像企业家。他有时有些傲气，但总是直言不讳。他会冲着洛克菲勒大喊大叫：“你的财富在不断增加，像雪崩一样滚滚而来。你必须紧紧跟上!你必须用比积累更快的速度，把财富散发出去!如果不这么做，它们就会毁了你，毁了你的孩子和孩子的孩子!”而一向能接受盖茨意见的洛克菲勒，会在那里倾听着。

进入20世纪之后，洛克菲勒的儿子小洛克菲勒也加入了他们两人的班底，形成了难以替代的最佳组合。盖茨看起来是其中最有能量和创意的一分子，但实际上，每个人在小组内发挥的具体作用是很难分清的。特别是对老洛克菲勒来说，因为他总是不溢于言表，他的领导和掌控作用并不那么直接。洛克菲勒医学研究所建立的过程，就是一个很好的例子。

1897年,盖茨读到柏林的罗伯特·科赫研究所（Robert Koch Institute）和巴黎的巴斯德研究所（Pasteur Institute）治疗炭疽病之类疾病的成功发现之后，建议洛克菲勒在美国也开设一所类似的医学研究所。洛克菲勒同意了。然后，洛克菲勒以他惯用的方式，与美国和欧洲医学界的领袖人物进行磋商，并采取有效步骤，使美国医学界的杰出科学家都能参与这一事业。

1901年,洛克菲勒实现了他的承诺，这个医学研究所建成了。它很快就成为全世界最大的医学研究中心之一。多年来，它培养了一系列荣获诺贝尔奖的科学家，取得了许多重大的科研成果。洛克菲勒为此先后投入了6000多万美元。1954年，在洛克菲勒家族第三代的支持下，这个研究所扩建为洛克菲勒大学，它至今仍然是全世界生物医学领域领先的研究和高级培训中心。

医学研究所创建后仅仅两年,一个更加雄心勃勃的事业单位——普及教育委员会——组织起来了。盖茨和小洛克菲勒在其中起了主导作用。

在将近20年的时间里,这个新的机构为改变内战后南方的面貌所取得的成就是具有革命性作用的。委员会有效地发挥了有理想和才干的南方自由派人士（而不是外来人）的作用，使改变南方地区传统教育方式的努力能够得到普遍接受。