明末清初，准噶尔首领巴图尔通过西藏达赖喇嘛获得巴图尔珲台吉的称号，其在信仰黄教的东部、西部蒙古诸部落中威望大增。巴图尔很有政治抱负和谋略，为了振兴准噶尔蒙古，他采取了很多开明有效的政治措施。

巴图尔珲台吉死后，其子僧格继位。僧格在位没几年，就被同父异母的兄弟弑杀。正在西藏达赖喇嘛门下修习沙门法的噶尔丹得到兄长被谋杀的消息，在达赖喇嘛等僧俗上层的支持下，打着为兄复仇的旗号星夜兼程赶回新疆。噶尔丹是个野心勃勃的人，他的宏愿是一统蒙古、建立大蒙古帝国。

噶尔丹军事上打击政敌车臣、卓特巴巴图尔的势力，承袭为准噶尔部大汗。他利用南疆和卓白山派和黑山派的矛盾，率兵灭亡了叶尔羌汗国，将南疆收入囊中。在政治上噶尔丹寻求达赖喇嘛的襄助，被赐封为“博硕克图汗”。与此同时，他还向清廷进贡，上奏国内重大事宜。

噶尔丹将准噶尔的政治中心转移到伊犁河谷后，其势力不断迅猛扩张。为实施“东进计划”，噶尔丹妄图吞并臣服于清朝的喀尔喀蒙古诸部，他率兵进攻土谢图汗，大肆抢劫牲畜和掠夺牧地，致使喀尔喀蒙古诸部损失惨重，被迫内迁。此举惹怒康熙皇帝，噶尔丹与清廷决裂。

噶尔丹得意忘形，进一步挥师南下，屯驻于乌兰布通，距离帝都北京仅700余里。康熙皇帝怒不可遏，御驾亲征，经过一番激战后，击溃噶尔丹的军队。噶尔丹逃窜流亡之际，他的侄子策妄阿拉布坦趁机占领了伊犁。

其后，噶尔丹集合旧部，再次入侵。康熙亲率大军与噶尔丹在昭莫多决战，清军几路夹攻，噶尔丹惨败。这一战彻底打垮了噶尔丹，他走投无路，怨恨难平，暴毙而亡。

策妄阿拉布坦很有韬略和胆识，他继位后大展宏图，先是征服了哈萨克汗国，数次击败沙俄入侵，而后攻占了拉萨，在西藏建立了统治。策妄阿拉布坦以伊犁河谷为根据地，营建宗教政治中心，使伊犁成为会宗之地。

准噶尔人多从事游牧经济，为解决粮食需求，策妄阿拉布坦从南疆迁移维吾尔族农民到伊犁河谷种地屯田，他们被称为“塔兰奇”，意思是种地的人。

策妄阿拉布坦死后，其子噶尔丹零策继位。在这两代父子的经营治理下，准噶尔的势力得到空前发展，疆域辽阔。清朝与准噶尔部之间关系时好时坏，打来打去，互有胜负，陷入僵持，双方精疲力竭，将士均有厌战之意。后来清廷与噶尔丹零策协商，划定了喀尔喀部与准噶尔部的牧区界线，相互往来贸易，换取了20年的和平。

噶尔丹零策染上天花后病逝，准噶尔部贵族因争权夺利发生内讧，四分五裂，实力遭到严重削弱。策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳与新汗王达瓦齐原是联盟关系，后矛盾愈演愈烈，兵戎相见。阿睦尔撒纳败北后，投奔了清朝政府，在其再三游说下，乾隆皇帝决定拔掉准噶尔部这根扎在心头的尖刺，况且这是康熙、雍正两朝“筹办未竟之事”。