1755年春，乾隆派遣5万大军，兵分两路进军伊犁，阿睦尔撒纳为北路副将军充先锋。清军西进途中，准噶尔部众望风而降。达瓦齐终日饮酒淫乐，大兵压境才仓促应战。他率部众退据格登山负隅顽抗，被归顺清朝的猛将阿玉锡夜袭劫营。达瓦齐狼狈逃窜途中被俘，乾隆皇帝赦免了他，软禁在北京颐养天年。称雄中亚120年的准噶尔汗国灭亡。

清军班师回朝，只留下500军兵镇守伊犁，处理善后事宜。乾隆皇帝看出阿睦尔撒纳有异心，命他到承德避暑山庄朝觐。阿睦尔撒纳做贼心虚，半途偷偷溜掉，潜回伊犁。他以珲台吉的名义发号施令，集结各路人马，围攻清朝驻伊犁军营。清军寡不敌众兵败，主将自杀身亡。

乾隆皇帝拍案大怒，再次派兵西征围剿，对桀骜不驯的准噶尔部大肆屠杀。阿睦尔撒纳闻风而逃，后染病而亡。强大剽悍的准噶尔部消失了，只留下准噶尔盆地这个地名，让人感慨凭吊。

平定准噶尔叛乱后，乾隆又派兵讨伐南疆大小和卓的叛乱。清政府统一了天山南北，为确保对新疆地区的行政管辖和边防安全，鉴于伊犁河谷重要的战略地位，清政府在伊犁设立了“总统伊犁等处将军”，统辖新疆全境，是新疆的军事和政治中心。

经过多年的苦心经营，伊犁惠远城成为“关外巍然一重镇”，商旅云集，百货杂陈，市场繁华，城内外寺庙林立，是新疆第一大城市。

清朝政府闭关锁国，权贵阶层日益腐朽堕落。1840年鸦片战争爆发，大清王朝犹如一艘破船，在风雨飘摇中挣扎，中国领土主权遭到西方列强的肆意践踏。一直对新疆虎视眈眈的沙皇俄国开始肆无忌惮地侵吞新疆的领土。因严禁鸦片、抗击西方列强侵略而被清廷流放伊犁的林则徐振聋发聩地说：“终为中国患者，其俄罗斯乎！吾老矣，君等当见之。”

史学界称林则徐为近代中国“开眼看世界的第一人”，冷冰冰的历史见证了林则徐的先见之明。

1864年，受陕甘回民起义影响，新疆爆发了大规模暴乱，“中亚屠夫”阿古柏和沙俄趁机入侵新疆。阿古柏控制了整个南疆及北疆的乌鲁木齐、玛纳斯和米泉一带；沙俄占据伊犁地区。

繁华昌盛的西北重镇惠远城在沙俄军队的祸害下，商业萧条，城墙倒塌，桥梁渠道失修，就此衰败。伊犁九城大半成为废墟，黎民百姓流离失所，苦不堪言。

当时，东南海疆和西北边疆同时告急，清廷在“海防”和“塞防”之间摇摆不定，放弃新疆的言论甚嚣尘上。左宗棠力排众议，慷慨陈词，力主收复新疆。权衡再三，清廷决定派左宗棠率兵西征，收复新疆。

左宗棠坐镇肃州运筹帷幄，派心腹爱将刘锦棠率湘军入疆平乱。刘锦棠足智多谋，不畏艰险，战术灵活多变，攻必克，战必胜，势如破竹。清军于1878年一月初，收复了南北疆全部失地，被沙俄侵占的伊犁地区除外。

这是晚清历史上最扬眉吐气的大事，是晚清回光返照最绚丽的一笔。