阿比·瓦尔堡生于1866年6月13日，是一位犹太银行家的长子。在照片里，他身体矮小，表情羞怯，双眼黑而有神。在一份自娱的问答表中，他把自己描写为“一个矮小的留着黑色小胡子的先生，有时候用方言讲故事”。他父亲要求他信仰正宗犹太教，继承银行家业，他却性格不合，难以从命，因此患上了焦虑和忧郁综合症。为了寻找解脱，他沉浸在书的世界中，对于希腊和罗马的古代哲学，文艺复兴时期的文化，美洲土著文明以及佛教都发生了浓厚兴趣。他似乎无法接受任何单一学科或学派的约束。驳杂的好奇心成为他学问的特点。

他幼年便开始热爱书本和图画，他还记得在六岁时就看到巴尔扎克《夫妻生活中的小烦恼》的绝妙插图，其中描绘女人哭泣，男人发怒，小孩尖叫，仆人开心等家庭闹剧场面，排演出中产阶级婚姻生活的不幸。这些人物吸引着孩子，使他梦寐难忘。过了几年，他又贪看“红色印地安人故事”的书本。这些冒险故事和图画提供了“一条道路，使我从恼人的现实中逃出来，忘掉孤立无援的处境”。他无法表达自己的愤恨和失望（瓦尔堡称之为“痛苦的情绪”），便努力寻找“一种宣泄，通过虚构的残酷幻想，来反抗真实的残酷”。他的同胞弟妹回忆，当年他总是坐在书堆里，每张纸片都要读上一遍，甚至家中的百科全书，也从第一卷读到最后一卷。

不仅是读书，收藏图书也成为瓦尔堡的生活必需。十三岁生日那一天，他决心不追随父亲的事业和宗教信仰了，向弟弟马克斯建议作一次交换，他让出作为长子接管家族事业的特权，而马克斯允诺为他购买他想要的所有书籍。十二岁的马克斯表示同意。从那时起，忠实守信的马克斯提供资金购买的大量图书就成为瓦尔堡图书馆的核心。

瓦尔堡收集图书的热情从来就不是漫无目的的。相反，他读书似乎很早就针对某些专门问题。我们多数人回想过去，会惊奇地发现我们最初阅读中某些兴趣的萌芽，直到很久以后才明显成形，这些萌芽始终在激动着我们，我们却无法用言语来表达。瓦尔堡幼年读书的热情后来在莱辛（Gotthold Ephraim Lessing）的名著《拉奥孔》中才找到了理论解释。他第一次读到这本经典作品时已经二十岁，正在波恩大学上学。莱辛的《拉奥孔》成为瓦尔堡的神奇“试金石”。在此六十年前，年老的歌德写道：“只有年轻人才理解莱辛的《拉奥孔》对我们的影响。这部著作把我们从一种静观的境界拉出来，引进爽朗自由的思想境界。诗亦犹画（ut pictura poesis）的说法多年以来被误解，从此一扫而空。诗与画的顶峰看起来是大不相同的，但是在根本上是非常接近的。”在莱辛的著作中，青年瓦尔堡不仅认识到探索形象与文字这两个不同系统的强大论证力量，而且获得了重要的观念：每个时代都根据自己的需要重温传统的某一方面，藉以建立本身的象征与意义系统；瓦尔堡把这个现象称为“古代遗留的残迹，纯粹历史性的问题。”瓦尔堡思考中逐渐成形的问题就是：最古老的象征是怎样在不同时代不断更新的？这些不同的更新形象又是怎样互相联系，互相呼应的？他思想发展中最响亮的一个字眼就是Kompatibilitaet，“和谐共存”——通过联想获得经验。因此，他借用批评家赫林（Ewald Hering）的一个词来形容自己的图书馆——“记忆”。瓦尔堡认为他的图书馆就有“有组织的记忆”。