话说自东汉末年交州的州治迁往番禺后，梧州虽有所沉寂黯淡，但因为是西江水系条条江河向东的汇集地，仍能维系着水运枢纽的地位。

宋代，尤其是南宋，广西余粮即假道西江，运往广州并转输浙闽等地；广东沿海所产盐斤，大多亦由西江转运到广西各地。梧州就是其中的转运口岸和集散地。

宋代广南西路盐场多在广东沿海各地，其所产盐斤大多由海船集运至广州，然后用内河船只经西江转运到梧州集散各地。据《岭外代答》，南宋淳熙九年（1182年），奉议郎胡廷直奉使岭南，详议盐法，将官卖恢复为商卖。以一年计，商卖盐斤的数量，广东达9万箩，广西可达6万箩。不算广东转输广西部分，以广西年6万箩计算，每箩100斤，总重量就达3000吨。以当时的内河运输条件，这一运量相当可观了。

水运兴旺推动港市繁荣，水运枢纽的功能让梧州的地位再度凸显。

从明洪武元年（1368年）起，梧州开始设府。一百年后，明宪宗在梧州创建了中国历史上的第一个总督府，节制两广。

明代，梧州府是广西粮食的主要产地之一，粮食产量仅次于桂州府，在广西居第二位，明天顺年间（1457—1464）粮食年产量达10万石。当时福建的粮食不足，需从广东调剂，而广东的粮食又大多依靠广西，广西米粮都是抵广东肇庆后再转运，明万历四年（1576年），朝廷还专门在肇庆城东西两边江岸设黄厂（税所），征收往来西江船只的商品税；清代，广西的粮食更是较广东充足。

于是，梧州便成为明清广西谷米运往广东的必经之路，“西江粮道”的地位自宋以来再度上升。

清乾隆年间（1736—1795），梧州粮食集市每月起运一批，河面船舶经常保持在100余艘，每艘船可装粮食1万斤左右。

食盐也是梧州港转运的大宗货物之一。食盐多从广东运至梧州再转广西各地。明景泰三年（1452年），梧州港设盐厂以征收“上下水客商盐税”。明成化六年（1470年），专设文官一员，以加强盐政管理，“榷盐木储货，以充军备”。清雍正十年（1732年），驿盐道耿麟奇考虑到食盐销售量日益增加，决定将盐包运到梧州储备，并新建盐仓30间，以适应市场需要。清乾隆元年（1736年），两广总督甄鄂提出在梧州增贮食盐1万包，作为接济各埠之用。清乾隆三年（1738年）在梧州又新建盐仓37间。明清两代，盐运一直不衰，对港埠建设、航运发展均起到一定作用。

“西米东盐”是梧州在明清时期航运的一大特点。米从今天的贵港、桂平等地运进，盐从广东运来。此外，木材从柳州运来，皮毛兽骨等山货，大多从云贵和百色、南宁等地运来。梧州作为明清时期桂东南第一大货物集散港埠，各种各样木筏仓库相继出现，商旅过往甚多，舟楫往来一片繁忙，为梧州发展成为近代贸易口岸奠定了基础。