刚获任命，王云五便起程前往国外，他一共游历了日本、美国、英国、法国、德国等九个亚欧美发达国家，参观的公司达到四十多家，咨询的专家有五六十人。

这一趟出国收获颇丰，最关键的是王云五学到了一套科学管理方法。王云五是带着任务出国的，所以一路走一路学一路写心得，半年写了几十万字的体会，同时对如何管理工人也有了一些新想法。解决劳资纠纷的目的通过访问也算是达到了。

1930年9月11日，王云五回国后第三天，就向董事会提交了考察报告《采行科学管理计划》，建议推行科学管理法。董事会很快通过此报告，于是王云五立即推行改革。他的改革核心内容是扩大生产、降低成本、提高质量、劳资双赢。王云五考察美国的时间达两个月，所以对美国工程师泰勒的管理方法体会深刻，并且极为赞同。泰勒的思想就是生产工序标准化，通过计件的方式核定酬劳，在提高效率、降低成本方面确实有效，但毕竟是以牺牲工人利益为代价，所以也受到一些人的批评。

获得董事会支持的王云五信心满满，准备大干一场。他首先在编译所推行新方案，以为可以作为试点，然后推而广之，没料到遭遇巨大阻力。

虽然王云五在编译所工作七年，而且也的确能干，但他的为人并不为众人认同，可以说做事有成效，做人很失败。更重要的是，王云五的这个方案是把工厂的计件给报酬的方法套到商务印书馆的员工身上，这些常年做编辑的文化人觉得脑力劳动都被计件了，当然不乐意，于是群起攻之，开大会对王云五的管理法进行声讨。最后科学管理法只能暂时搁置。

新法推行的失败，关键在于王云五操之过急。转变过快，用药过猛未必适合一个文化企业。圆滑的王云五并没有针尖对麦芒，而是暂时收起锋芒，另觅时机。

正在这个时候，日本加紧了对中国的侵略。1932年“一?二八”事变，日本突袭上海闸北，商务印书馆的印刷厂总厂、货栈、东方图书馆等地，几乎都在日本侵略者的炸弹下化为灰烬。种种迹象表明，日本人是蓄意炸毁这家有一定规模且具有象征意义的文化企业，并不是漫无目的地轰炸。

经此浩劫，王云五一夜白头，当时他才44岁。可以说商务印书馆的历史上从没有遇到这样大的挫折，但既然事情发生了就得面对。为了挽救濒临破产的商务，经过董事会同意后，王云五解雇了3700多名员工，挨骂和闹工潮的风险让他无比头疼，不过总算都一一顶住。他觉得这么做是没有办法的办法，否则根本扛不起庞大的财务负担，更谈不上复兴。

非常时期给了王云五施展才能的空间。当年8月1日，商务印书馆总管理处、上海发行所、新开的印刷厂同时复业。在发行所门口，悬挂了一副对联：“为国难而牺牲，为文化而奋斗”，这个口号表达了王云五和同人当时的心愿。总馆、总厂复业后，王云五新订雇佣契约重新录用职工，陆续公布各种章程、规则，全面推行“科学管理法”。

推行新法后，果然收效明显。王云五迎来了事业的第二个高峰期。商务的新书出版速度加快，同时，多套丛书出版，其中《大学丛书》和《丛书集成》影响巨大。《大学丛书》是商务为大学编印的教材，由王云五拟订编印计划，请蔡元培领衔，邀请国内各大学及学术团体代表54人组成编委会，自1932年开始出版，前后共出版了300余种。这套教材具有开创性的意义，对中国的教育事业和学术研究卓有贡献。《丛书集成》是中国古籍丛书，选定宋、元、明、清著名丛书100部编辑而成，被称为“丛书的丛书”。