几天以后，北京城西四牌楼刑场人山人海，周新从囚车上下来，整了整衣冠，然后向西北皇城方向恭恭敬敬地叩了三个头，又向南方叩了三个头，说道：“老母在上，儿臣在此尽忠了！”拜罢，仰天长叹道：“天哪！苍天！你回答我，为什么做直臣是这样难?这是为什么呀？为什么?”然后周新厉声高呼：“周新生为直臣，死为直鬼！”

朱棣冤杀周新后，上至都察院，下至六部言官纷纷为周新鸣冤，扰得他一个多月不得安宁。最后，朱棣授意锦衣卫指挥使纪纲出面，以锦衣卫的名义发了一道文告，称谁要是再替周新喊冤，就与周新同等论罪，才将这场风波压了下去。

从此以后，明代十余位皇帝都依靠锦衣卫镇压朝廷大臣，全是受了朱棣杀周新一案的影响。明朝官场中因此形成了一种风气，即锦衣卫官员可以凌驾于六部九卿之上。这就造成了正统、天顺年间锦衣卫都指挥使门达、逯果专权，嘉靖时期锦衣卫百户王邦奇肆意诬陷忠良的大冤狱。

常言道，多行不义必自毙，也是该纪纲垮台，锦衣卫不知怎的与宫中的宦官们闹起了矛盾。一日，福海向永乐皇帝奏道：“启奏万岁，锦衣卫指挥使纪纲多年来，多行不义，以不实之词诬陷忠良。靖难功臣薛禄因买一女道士为妾与纪纲顶撞，被纪纲用铁锤打裂头骨而死；廉吏周新因缉捕了纪纲爪牙许应先，被诬陷致死；万岁下诏选妃，纪纲把最美的女子留为己用；更为甚者，纪纲竟私养亡命，造刀甲弓弩无数，图谋不轨。此人罪大恶极，不杀不足以平民愤，不杀不足以正国法，请陛下明察！”

永乐皇帝鉴于异己已除，而纪纲与天下结怨非常深，决定治纪纲的罪，以平民愤，就下令将纪纲逮捕入狱。永乐皇帝下的诏书是这样写的：

奉天承运，皇帝诏曰：朕遵守太祖留下来的祖制，设立锦衣卫以缉捕罪恶，保天下平安，锦衣卫指挥使纪纲却违背圣意，有负皇恩，不遵守王法，作威作福，诬陷忠良，骚扰百姓，作恶多端，私养亡命之徒，造了许多刀甲弓弩，阴谋反叛。为正朝纲，为树正义，将纪纲等奸恶缉拿归案，以正王法。钦此！