这样处置了周新，朱棣也觉得草率。一天，朱棣降旨把有关周新的案卷全部调到手边。里面有浙江总督和布政使的奏疏，有刑部力保周新的本章，还有浙江省百姓士绅上的万民折，都要求保护直臣，严惩恶吏。据他派到民间刺探消息的内侍报告，杭州的一些老百姓，已经自发组织了一个请愿团，两天前进了京，正在吏部、刑部等处为营救周新奔走。这一切都使他感到为难。

按说周新一案应发到刑部，由刑部、都察院、大理寺三大法司会审，但是他非常担心刑部会替周新说话。何况只要官司移到刑部，许应先作为被告人，就要被拘捕审讯。在三大法司那森严的大堂上，如果许应先泄露了自己缉查朱允炆的隐私，那自己的颜面往哪里摆？所以朱棣下决心不让刑部插手审理。

但是此案又绝不能发往自己最信任的锦衣卫诏狱，因为这一案与锦衣卫相牵连，如果由锦衣卫审理，难免要受到言官的指责。

朱棣最痛恨的是周新放跑了他一心要抓的朱允炆，虽然这是纪纲凭空给周新安上的罪名，但朱棣却深信不疑。自他登基以来，对那些忠于朱允炆的臣子，已经进行了大规模的杀戮，但他唯恐还有漏掉的，所以只要听说谁与朱允炆有牵连，他是定斩不饶的。纪纲正是抓住了朱棣的这个心理特点，因而一告便准。但朱棣绝没想到一个小小按察使竟会惊动这么多朝臣来替他说话，现在如果贸然杀掉周新，说不定会引起一场轩然大波，因此他几次提起朱笔又都轻轻地放下了。朱棣左右权衡一时拿不定主意，就站起来在殿内来回踱步。

朱棣忽然也动了恻隐之心，他想起周新二十余年忠正廉洁，倒也值得可怜，不如顺乎人心，将他放出官复原职罢了。这时他突然记起，上次审讯时，曾嘱咐周新写一道谢罪本章，不知他是否交上来了。如果谢罪本章已经送上来，正好顺水推舟，赦他出去。于是，他喊道：“内侍！”

立即有两名司礼监秉笔太监走进殿来候旨。朱棣问：“周新的奏章可曾送进来?”

太监小心翼翼地回答：“已经送进来了。”

朱棣不满地说：“为什么不随周新案卷一齐呈报?”

太监回禀道：“臣看周新的奏章，以为内中多有忌讳，没敢呈送。”

朱棣把脸一沉说：“大胆，还不速速取来！”

那名太监有些慌乱地叩了一个头，赶紧把周新的奏折取来交给了朱棣。朱棣展开奏折，见折子中的蝇头小楷写得端端正正，字迹苍劲有力，不知道的人绝不会相信这是一个遍身棒伤的人写的，不觉点了点头。但他看到奏折中的内容时，却越看越生气。原来周新在折中没有一句谢罪的话，反而建议削减锦衣卫官员到京师以外各省去缉查案件。这分明要断皇帝的耳目，减弱皇权。朱棣不能忍耐了，他把周新的奏折狠狠地摔在了地上，提起朱笔，刷刷地写下了“以逆臣罪名，立即处斩周新”的上谕。此后，六部言官中那些刚正之臣纷纷上本为周新鸣冤。这些奏本一概被朱棣留中不发。