1939年夏，柳亚子愤于日寇全面侵华，决心以死相抗。他有感于国家已到生死存亡的紧要关头，与南明历史有着诸多相似之处，为砥砺全民誓死抗战的决心，他把自己在上海的居所命名为“活埋庵”，蛰居其中，杜门谢客，准备以余生写成《南明史纲》，以昭诫世人。

柳亚子埋头于明末各种正史、野史间，钩稽索赜，伏案不辍，同时又时刻关心着时局的进程。看到日渐严峻的战争形势，他作好了以一死殉家国的打算，才五十多岁的他毅然立下了遗嘱：“余以病废之身，静观时变，不拟离沪。敌人倘以横逆相加，当誓死抵抗，成仁取义，古训昭垂。束发读书，初衷俱在，断不使我江乡先哲吴长兴、孙君昌辈笑人于地下也。”11月，上海已成孤岛，柳亚子不为敌伪的嚣张气焰所动，仍然固守家中，等待着命运的安排。

这时，何香凝领导的国难救护队和上海的中共地下组织纷纷前来做柳亚子的工作，规劝他迅速离开上海，不要做无谓的牺牲。一死虽然可以警醒世人，但留得青山在，不怕没柴烧，活着可以做出更大的贡献。当时阿英先生（钱杏邨）仍留居上海，化名魏如晦，写作剧本《碧血花》（一名《明末遗恨》），借此唤起民众的抗战热情。他受地下党的委托，也来到活埋庵中，恳挚地劝说柳亚子，要他离开上海这个随时可能变作战场的地方。

柳亚子潜心研究南明史，有很多史籍来自阿英的提供，其中一部分还是阿英收藏的海内孤本。两人素有同嗜，真是酒逢知己千杯少，一谈就是半夜，当时的上海夜色如磐，而两人却沉浸在近三百年前南明小朝廷的血雨腥风之中。江海关的大钟敲响了午夜的钟声，两人回到了现实，不禁相对黯然。活下去，并要记住！柳亚子猛然懂得了阿英的来意，告别时，阿英担心柳亚子是因为要继续借用他的书籍才滞留上海，就慷慨地说：“亚子先生，除了关于延平王（郑成功）的一部分，我要写《延平春秋》，还须留用外，其余的你一概带走好了。”柳亚子紧紧地握住阿英的手，久久才道出一句话：保重！

12月12日半夜时分，柳亚子带了全部南明史籍和手稿，携全家乘亚洲皇后号客轮离沪赴港。抵达香港后，他僦居九龙德成街，后又移居九龙柯士甸道117号二楼，与许世英、杜月笙为左右邻。他把自己的寓所取名“羿楼”，以后羿射日自居，表示与日本侵略者不共戴天。在此期间，他把大部分精力都倾注在《南明史纲》的写作上，他的《南明史纲初稿》开始在香港《大风》半月刊连载，茅盾主编的《笔谈》第七期刊出了他的《一年来对于南明史料的工作报告》一文，对自己一年来的南明史研究进行了客观而详尽的回顾和总结。

正当工作顺利进展之时，1941年12月8日，日军突袭香港，炮声隆隆，硝烟四起，处在九龙的羿楼首当其冲。翌日凌晨，一夜无眠的柳亚子不得已化装成老年佣妇，在炮火纷飞中，与家人逃离了羿楼。因为事起仓促，他的南明史籍和《南明史纲》手稿，没有来得及带出。柳亚子在《怀念阿英先生》一文中满怀悲痛地说道：“在我，这真是生命以外最大的损失，而对于阿英先生也真是一万分对不住他的。”因为有些阿英借给他的南明史籍都是罕见的孤本，再得的可能几乎没有。

1942年初，柳亚子漂洋过海，冒着危险乘坐帆船经过八天八夜，辗转来到广东海丰的马贡，终于重新回到了祖国大陆，又或步行或乘船，跋山涉水来到战时的文化名城桂林，已是那年的6月7日了。他在《羿楼旧藏南明史料书目提要》一文中说：“除了生命和眷属都侥幸无恙外，羿楼藏书的损失，对于我是一个不可磨灭、不可回复的创伤。”在桂林，他时刻关心着羿楼中南明史料的下落，每有从香港来的人，他总忘不了向他们打听。有人误传羿楼已毁于炮火，他的一切书籍和文稿可能都已化为飞灰，柳亚子悲痛万分，接连写了《劫灰中的南明史料》、《还忆劫灰中的南明史料》和《续忆劫灰中的南明史料》三文，表达了他“泪枯才尽”、“不胜其凄然”的心情。是啊，这些南明史料，其物质的代价即慢论（其中有几种还是孤本），精力与心血的所耗已至为可观矣。无怪乎柳亚子会这么痛彻心肺，甚至为之意志消沉。