1937年7月7日，日本法西斯占领周口店，技工赵万年、董仲元、萧元昌不幸被日寇活活杀死。龙骨山，这个闪耀古人类圣洁光环的殿堂，一度任日寇践踏，发掘中断。1941年12月8日，日军偷袭珍珠港，美国停泊夏威夷的太平洋舰队几乎覆没。收藏北京人化石的北京协和医学院，亦岌岌可危。翁文灏与医学院负责人胡恒德商定三条保护方案：一是将化石运往“陪都”重庆，二是就地掩埋，三是请美国暂时保管。不过，辗转千里奔重庆，战火纷飞难万全。就地埋在沦陷区，也难免发生意外，觉得送往美国可行。魏敦瑞返美后，化石共装两个木箱，先送到协和医学院总务长博文办公室。王锡炽院长说日军占领医学院第二天，两个箱子被转至F楼4号保险室内，过了一夜就不知去向。

据传，博文在11月底将两箱化石送到美驻华使馆，扮成军人行李，拟由美海军陆战队运至纽约自然历史博物馆。12月5日，专列沿京山线驶向秦皇岛，拟送往由上海北驶的美定期航轮哈里逊总统号。因珍珠港事件，专列在秦皇岛被日军堵截。协和医学院医生弗利和在秦皇岛接收行李的助理军医戴维斯被日军捕俘，送往天津军营，两件“行李”不翼而飞。弗利是运转化石最后一人，战后一直声称不知化石下落。

事隔半年，日本东京大学教授长谷部言人和助教高井冬二，在英文版《 北平新闻 》上称保存于协和医学院的北京人头盖骨被劫。似乎说，日军并未在秦皇岛窃取头盖骨。随即，追寻格外卖力，命侵华司令部侦探锭者繁晴负责。所有参与周口店发掘人员都受审，竟对裴文中刑讯逼供。走遍北平、天津，一无所获。一年后，绝望的锭者繁晴剖腹自杀。此前，长谷部言人、高井冬二曾找到裴文中，要看头盖骨，裴文中心疑，拒绝。奇怪的是，不久日本人说化石在天津找到。魏敦瑞秘书息式白急往，可还未到天津，日本人就让她回北平了，并将关押审查的人都放了。如日本人没得手，怎能轻易放人？若得手，就是“贼喊捉贼”了。

1945年，日本法西斯无条件投降。日方提出一份归还北京人化石及发掘工具的清单，唯独没有头盖骨。考古学家周国兴接受中央电视台刘芳菲采访时说，北京人头盖骨有可能埋在北京、秦皇岛、天津一带某地，还有可能被日本人掳掠。1992年中日复交20周年，我们在日本大阪举办“北京猿人”展览，成立“北京猿人”化石返回委员会，征集线索，但被日本政府阻挠，认为这样会演变成第二起“慰安妇”事件。我们说你心里如没鬼怕什么？北京人化石是全人类的财富，我们都有责任、有义务寻找，让他回归故里。