另外一种知识依赖“理解力”。所谓理解力，就来自对于现实事物的观察、试验和归纳，它不能依赖头脑的“冒测”，不能依赖“信心”，而是依赖现实中手的劳作、眼睛的观察，只有当头脑被手的劳作所证实，当事实纠正了“人心的冒测”时，真正的知识才能形成。这种真正的知识，就是科学。

培根指出，神学和经院哲学长于语言论辩，这是因为：语言乃是建立在抽象的逻辑和范畴之上的结构，而抽象的逻辑和范畴之间的联系与转变，依赖的只能是想象力，比如说，我们在现实中面对的是千姿百态、各式各样的树，但是“树”这个概念是现实中根本不存在的，要理解“树”这个概念，我们只能依赖想象力。而培根指出：妄图用“现实中根本就不存在”的东西去解释现实，这本身就是虚妄。

因此，培根对于经院哲学的批判不是与之辩论，而是指出“想象力”与“理解力”是不同的，即人们在头脑中“想象”一个事物，与在现实中通过试验和观察“理解”一个事物是完全不同的。培根把经院哲学的思维方式称为“人心的冒测”，简单地说就是“独断论”；他把自己确立的新的认识方式称为“对自然的解释”。培根认为，前者仅仅是在辩论中征服论敌而已，并不是在行动中征服自然。培根表示，对于“真理”，应该求助于“自然和经验的光亮”，必须誓绝那些无谓的“党争”，而经院哲学和神学一样，无非是靠动员人的联想和想象去制造一个幻想的世界，因此，它必然是幻觉的、浮夸的和半诗意的：

迷信以及神学之糅入哲学，这对哲学的败坏作用则远更广泛，而且有着最大的危害，不论对于整个体系或者对于体系的各个部分都是一样。因为人类理解力之易为想象的势力所侵袭正不亚于其易为普通概念的势力所侵袭。那类好争的、诡辩的哲学是用陷阱来困缚理解力；而这类哲学，由于它是幻想的、浮夸的和半诗意的，则是多以谄媚来把理解力引入迷途。

在培根看来，文艺复兴也是从基督教中脱胎出来的，“人文学者”身上还带着教士的影子，他们争来争去，争的无非还是些抽象的概念：

大家都知道，自从基督教取得信仰，力量强大以来，绝大多数的才智之辈都投身于神学去了；最高的报酬都施于这个事业，各种各样的帮助也都极其丰富地提供给这个事业；这种对于神学的专注主要地占据了属于我们西欧人士的那历史的第三阶段或时期培根把西方的“学术革命”分为三个历史时期，即古希腊时期、古罗马时期和他所处的文艺复兴时期。这里说的“第三阶段或时期”指当时的文艺复兴时期。；而就在此时文献亦正开始兴盛，宗教的争论也正开始兴起，这就又加强了这种情况。

为什么神学和经院哲学有碍于人类理解力的发展？这就是因为它们把知识活动束缚在人的头脑之中，它们依赖的工具是不可靠的想象、联想和幻想，它们限制着人类的观察能力，而对经验的鄙视则阻碍了对自然的探索和了解：

人们认为，若与那种局于感官、限于物质的一些实验和特殊的东西保持长久而密切的接触，就有损于人心的尊严；特别是因为那些东西要搜求是费力的，要沉思是不值的，要讲述是粗俗讨厌的，要实践是不够旷放的，而其数目又是无限，其精微处又是过于纤细。这样，对于经验，且不说是予以放弃或处理不善，乃竟是以鄙视的态度而加以排斥；因而最后就走到了这样一种地步：真正的道路不只是被放弃了，而竟是被锁断和堵绝了。